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输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,最多支持100列。单击操作列的图标可以删除列。 列名 列的名称不可以和PostgreSQL 11版本的关键字冲突。
一个表达式中的列名、操作符和值。不同类型支持的操作符如下:String支持like(模糊搜索)、equal(精确搜索)、notlike(不包含)、notequal(不等于),Double支持gt(大于)、lt(小于),Long支持gte(大于等于)、lte(小于等于)、gt(大于
"workflow" }, "database_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "database_name" : "demo-database" } ], "count" : 1 } 状态码
热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定。 单击结合能数值,可查看详细对接结果。 第1部分描述了蛋白质与配体小分子的结合能大小,以及该
--skip-lines -s 否 跳过的header行数。不指定参数值时默认为0。 --delimiter -e 否 常用的三种分隔符为(;,\t),也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表,多个文件用分号(;)分隔。 --project 无
获取作业列表 功能介绍 获取作业列表 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
获取用户列表 功能介绍 获取用户列表 URI GET /v1/{project_id}/users 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
--limit -l 否 列举查询结果的最大个数,小于等于0表示列举所有结果,不设置时默认为最大值1000。 引用数据会列举全部,不受该参数影响 。 --simple -s 否 以精简格式显示查询结果,返回结果只包含对象名。 --recursive -r 否 递归列举本项目文件夹中的所有文件和子文件夹。
方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。
drug,药物的清除率。单位为ml/min/kg。 结果解释:清除率大于等于5 ml/min/kg较好。 T1/2: 药物的半衰期。T1/2大于3为(T1/2+),小于等于3为(T1/2-)。 结果解释:数值范围在0~1之间,数值越高,代表半衰期越长,越不容易清除。 Vina score 靶点口袋分子设计后的分子的vina
数据路径,否则会有覆盖原有作业数据风险。 执行克隆操作有两种方式,请选择任一方式执行。 在分析作业列表中,单击“操作”列“克隆”,进入流程设计器页面。 图8 克隆作业 在分析作业列表中,单击作业名称,进入详情页。单击右上角“克隆”,进入流程设计器页面。 图9 克隆作业 单击输入参数图标,设置输入数据。
“作业状态更新”中可选“选择已有列”或“新建一列”。 选择“选择已有列”时,需要选择已有列名,已有列名必须为string类型,可以搜索到,并且非主键。 并设置是否“清空作业状态更新列”,状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”,需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息
作业消息设置 设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。
取值范围:输入字符最大长度为255 最大长度:255 database_id 是 String 自动作业依赖的数据库ID 最小长度:1 最大长度:128 database_column 是 String 自动作业状态更新列 最小长度:1 最大长度:55 database_column_type 否 String
DatabaseColumnDto objects 数据库列信息 数组长度:1 - 100 表4 DatabaseColumnDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 列名 最小长度:1 最大长度:55 type 是 String 列类型 枚举值: Long String Double
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,