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基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
数据库管理 数据库管理 模板管理 父主题: API(医疗智能体平台)
import_app_results Array of ImportAppRsp objects 导入应用详情 表5 ImportAppRsp 参数 参数类型 描述 source_app_id String 源应用id destination_app_id String 目标应用id destination_app_name
128 表9 AppInfoDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version String 应用版本 app_src_project_name String 应用来源项目名称 app_labels
统计应用、流程、作业数目 功能介绍 统计应用、流程、作业数目 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
平台节点最大规格 app_infos Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表4 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name
Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表8 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version
命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000
数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创建流程、获取流程详情、删除流程等相关操作API。
进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件封装为镜像,并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序,用于代码的编写、调
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
workflow_job_id 是 String workflow作业id 最小长度:1 最大长度:128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度:1 最大长度:128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path
name String 实例名称 description String 描述 template_id String 模板id template_name String 模板名称 creator String 创建者 create_time String 创建时间 update_time
最小长度:1 最大长度:32 app_id 是 String 应用id,取值范围[1,135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
最小长度:1 最大长度:32 app_id 是 String 应用id,取值范围[1,135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 实例名称 最小长度:3 最大长度:32 template_id 是 String 模板id 最小长度:1 最大长度:128 description 否 String 实例描述 最小长度:0 最大长度:1024 import_data
获取Nextflow作业详情 删除Nextflow作业 重试Nextflow作业 获取Nextflow作业日志 停止Nextflow作业 获取Nextflow作业报告 父主题: Nextflow接口
流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
管理。 应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装,应用可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中,查看隶属于该项目的应用,也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列