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health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description -d 否 流程的详细描述信息。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
自动作业管理 获取自动作业模板列表 创建自动作业模板 删除自动作业模板 更新自动作业模板 查询自动作业模板 启动自动作业 停止自动作业 父主题: 应用管理
未上线)。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
-s命令获取创建作业的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。
128 表8 AppInfoDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version String 应用版本 app_src_project_name String 应用来源项目名称 app_labels
kduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。
lmx-project-01/demo-image --type APP --description 'this is a demo' Windows health docker update lmx-project-01/demo-image --type APP --description "this
订阅的应用不支持修改,请检查该应用是否为订阅应用。 400 eihealth.01050007 The asset type is not an app. 请选择资产类型为应用的资产进行订阅。 400 eihealth.01050008 The app {0}:{1} has already been
demo-image:v1.0 -d "this is a desc" -t APP Linux ./health docker push demo-image:v1.0 -d 'this is a desc' -t APP 上传成功返回值 fe4c16cbf7a4: Pushed v1.0:
单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。 创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4:搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc应用拖拽至画布中,并添加输入参数,操作方法请参见方式2。
进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”,修改数据。 编辑时,主键内容不能修改,编辑的值,需要对照数据库模板值进行填写。 对于空的数据库,编辑时,只允许新增行。 图1 编辑数据 修改完成后,单击“保存”。 删除 数据库创建完成后,单击数据库名称进
数据库管理命令 创建数据库模板 获取数据库模板 删除数据库模板 导入数据库模板 创建数据库实例 获取数据库实例 删除数据库实例 引用数据库或者导入数据到指定数据库 修改数据库实例
删除应用 使用delete命令删除指定应用。 命令结构 health delete app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 应用的ID(app-id)或应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproj
导入应用 使用import命令导入应用,当前只支持导入单个应用。 订阅和已导入的应用不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import app <app-name:version:source_project_name> [flags] 或 health import
health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 是 本地的作业模板路径。获取作业模板方法请参见作业配置文件说明。 --workflow -w 否 基于流程ID创建分析作业,可使用health get workflow
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题: 用户指南(基因平台)
health get job -s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求,将步骤3中获取到的NGS作业信息和workflow-id填充至模板中,修改好的配置文件示例请参见NGS配置文件示例。 请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或