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获取自动作业模板列表 功能介绍 获取自动作业模板列表 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
"app_info": { "app_id": "2", "app_name": "zx-1030-mkdir", "app_version": "1.0.0", "app_src_project_name": "", "app_labels":
指定workflow-id或workflow-name:version:srcproject,列出具体应用的信息,srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --sample -s 否 获取流程模板,模板为yaml格式。 --downloadPath -d 否 获取wor
ame.output_name},表示连线关系,即app1-2需要app1-1成功执行后才会运行 - '${app1-1.output-dir}' 上传流程模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中上传yaml模板。 父主题: 工具管理
NextflowJobReportFile objects 作业报告文件列表 表4 NextflowJobReportFile 参数 参数类型 描述 name String 报告文件名 最小长度:1 最大长度:1024 download_url String 报告文件下载地址 最小长度:1 最大长度:1024
中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板 使用health get job -s命令获取启动分析作业的模板,复制并保存模板至本地,您可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。
是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(app-id),使用命令行工具创建应用时生成。示例请参见创建应用命令示例。 应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproject),srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4
应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。 获取应用模板 使用health get app -s命令获取创建应用的模板,复制模板并保存到本地,您可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHeal
删除应用 功能介绍 删除应用 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id
发布应用 功能介绍 发布应用 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id}/publish 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
String 应用id name String 应用名称 version String 应用版本 summary String 应用短描述 description String 应用描述 labels Array of strings 应用标签 image String 应用镜像 commands
object 应用申请资源 inputs 否 Array of AppInputParameterDto objects 应用的输入参数列表 数组长度:0 - 128 outputs 否 Array of AppOutputParameterDto objects 应用的输出参数列表
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中
更新应用 功能介绍 更新应用 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id 最小长度:1
ImportAppRsp 参数 参数类型 描述 source_app_id String 源应用id destination_app_id String 目标应用id destination_app_name String 目标应用名称 version String 应用版本 message
请求示例 订阅应用,订阅后应用名称为dest_app_name,应用版本为1.0.0 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/subscribe
参数类型 描述 apps Array of AppListDto objects 应用列表 count Integer 应用总条数 表5 AppListDto 参数 参数类型 描述 id String 应用id name String 应用名称 version String 应用版本 summary
txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。
查询某个类型的镜像,可选APP、NOTEBOOK、OTHER。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 查询当前所在项目demo-project下面的类型为APP的镜像。 health docker images -t APP # 执行成功返回结果如下
件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据