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运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
--swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。
选择归档类型为归档存储后，对应的归档数据至少要保存90天，如果在90天内删除归档数据，需要支付不足90天的惩罚费用。详细可参考不同类型的归档，费用分别是多少。 父主题： 数据管理
镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。
--swr-endpoint -t 是 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
最小长度：1 最大长度：65535 响应参数 状态码： 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 收藏记录ID。 请求示例 添加收藏分子类型。
- labelA - labelB image: 'gwj-test-01/busybox:latest' # docker镜像地址取值范围[1-255]，不能包含中文字符，格式为{project-name}/{image-repo}:{image-tag}
Array of strings 资源类型 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 language 否 String 语言,只支持en_us和zh_cn 枚举值： en_us zh_cn 响应参数 无 请求示例 设置用户邮件配置，设置接受范围为全部，资源类型为system
该案例介绍NGS的搭建步骤，涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant Calling Based On NGS”流程。该案例比“资产市场”流程多出VCF文件进行质控步骤。
单击左侧导航中的“实名认证”，选择认证类型（个人认证/企业认证），根据页面提示进行实名认证。 实名认证类型介绍 表1 实名认证详细介绍 账号类型 认证类型（任选一种类型） 详细操作指导 个人账号 推荐扫码认证（即时完成认证） 请参见如何进行扫码认证。
# 可选 # 完整描述文本 labels: # 可选 # 标签 - labelA - labelB image: 'xxxx' # 必选 # 镜像地址
作业使用IO加速类型为SFS。
应用描述 labels Array of strings 应用标签 image String 应用镜像 commands Array of strings 应用命令 resources ResourceDto object 应用申请资源 inputs Array of AppInputParameterDto
最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300
最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。
最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 type 否 String 下载类型(仅支持PRIVATE|PUBLIC) 枚举值： PRIVATE PUBLIC EXTRANET url 否 String 资源地址(支持https、obs
--swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
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