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最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 否 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 作业基本信息。 smiles_list 否 Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512
ject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 files 是 Array of strings 导入文件l路径列表 最小长度:1 最大长度:1024 数组长度:1 - 5 delimiter 是
序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。 RNA-Seq流程由fastqc、trimmomatic、star应用构成,各应用说明如表1所示。 表1 应用说明 应用名称
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”
docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTH
录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对,得到比对后的bam文件,及对fastq和bam文件的质控报告。 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、bamqc应用构成,各应用说明如表1所示。 表1 应用说明
-haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。NGS流程执行步骤如表1所示。 表1 NGS执行步骤 步骤 描述 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 Mapping and Sort and
在“项目管理”页面,您可以查看项目的数量和总存储量。 图1 项目管理 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目,以及项目大小、项目成员角色、所有者、状态、是否核心项目、创建时间、更新时间和可执行的操作。 图2 项目列表 查看项目详情 项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息,您可以通过以下两种方式查看项目信息。
管理数据库 管理数据库 数据库创建完成后,您可以对数据库内的数据执行编辑、删除、新增行操作。预制数据库和引用数据库不支持编辑、删除、新增行操作。 编辑 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”,修改数据。
Score(有靶点)、Score、QED、SaScore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表生成小分子的综合打分 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 图10 查看结果(2)
在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持立即删除,会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期,到期后系统自动删除。
单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合
平台支持数据的归档机制,您可以将核心数据进行归档,避免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型 选择归档数据存储类型。默认为标准存储。
导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题: 项目管理
单击“镜像导入”。并选择镜像所在的项目、镜像和镜像版本。 图1 镜像导入 单击“确定”,完成镜像导入。 从其他项目导入的镜像,在镜像列表“源项目”列中,显示所属的项目。 客户端上传镜像 使用命令行工具eihealth-toolkit上传镜像,详细的上传过程请参见上传镜像到SW
单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2:创建Notebook 在“项目管理 > 项目名称 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。 描述 Notebook的简要描述。
/v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户。可以使用“用户管理”功能,创建子用户,并给子用户分配管理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算
组织共享: 如果关闭,则该数据库只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的数据库进行分子搜索。 默认为关闭。 数据库列表展示数据库的名称、分子数量、创建时间、状态等信息。对于已创建的数据库,可以执行删除和追加数据操作。数据库状态介绍如下: 可用:数据库正常,可以进行分子搜索使用。