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url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
批量获取资源统计数据 功能介绍 批量获取资源统计数据 URI POST /v1/{project_id}/metric-data/batch-stat-metric-data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
创建分子优化作业 功能介绍 创建分子优化作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建分子生成作业 功能介绍 创建分子生成作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建分子搜索作业 功能介绍 创建分子搜索作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
获取项目 使用get命令获取当前用户有权限访问的所有项目列表,以及项目信息,包含项目名称、ID、所有者、项目角色、存储大小、状态、创建时间、更新时间。 在使用该命令前,您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags]
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
创建Notebook 在开始进行模型开发前,您需要创建Notebook,并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
数据的上传和下载 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式,您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证:通过Token认证通用请求。 AK/SK认证:通过AK(Access Key ID)/SK(Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时,需
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持S
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):