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每个分子卡片上会展示相应分子序号与对应的参数Score、Vina Score、Similarity(侧链修饰/骨架跃迁场景)、QED。 Score:代表小分子可合成性的综合打分。 Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能。 Similarity:靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度。
result LigandSimilarityGraphTaskResultDto object 配体相似度图任务结果。 表4 LigandSimilarityGraphTaskResultDto 参数 参数类型 描述 pairs Array of LigandSimilarityGraphTaskResultPairDto
FREE ligands 是 Array of CreateLigandSimilarityGraphLigandDto objects 配体列表。 数组长度:2 - 101 表4 CreateLigandSimilarityGraphLigandDto 参数 是否必选 参数类型 描述
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
String 中心配体名称。 最小长度:1 最大长度:32 pairs Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度:1 - 100 表10 SimilarityDto 参数 参数类型 描述 ligand_ids Array of strings
String 中心配体名称。 最小长度:1 最大长度:32 pairs 是 Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度:1 - 100 表9 SimilarityDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand_ids 是 Array of
/test.csv,修改描述为simple database。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug/drug-database/{database_id} { "description" : "simple database",
最大值:1000.0 缺省值:200 npt Float 等压等温步骤模拟的时长,单位ps。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:500 simulation_time Float 平衡步骤模拟的时长,单位ns。 最小值:0 最大值:50.0 缺省值:50 请求示例 无 响应示例 状态码:
体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构与分子行为。SPONGE(Simulation Package tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动
体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构与分子行为。SPONGE(Simulation Package tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动
{ "name" : "model_name", "type" : "binary", "description" : "simple model", "file" : { "url" : "project:/file/test.csv", "source"
图3 设置参数信息 引擎:对接引擎支持DSDP,AutoDock Vina和Similar Docking。DSDP是由北大高毅勤团队研发的基于GPU加速的对接方法,支持全局对接。 如果对接引擎选择Similar Docking,不需设置口袋信息,但需要为每一个靶点上传一个“模板配体文件”。
参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 similarity Number 分子与初始分子的相似度 num_fulfilled_weak_constraints Integer 分子所满足的弱约束数量
最大值:1000.0 缺省值:200 npt 否 Float 等压等温步骤模拟的时长,单位ps。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:500 simulation_time 否 Float 平衡步骤模拟的时长,单位ns。 最小值:0 最大值:50.0 缺省值:50 响应参数 状态码: 201
objects 配体文件列表,当前仅支持1个。 数组长度:1 - 1 engine String 引擎,支持DSDP、AUTODOCK_VINA、SIMILAR_DOCKING。 job_result JobResult object 作业结果信息。 part_failed_reason Array
is: 6.57MB Folder number is: 1 File number is: 1 指定“simple”参数,以简略格式显示对象。 health ls --simple # 返回结果如下 Folder list: /src1/ /src2/ File
"css_id" : "2f042ad4-6aca-11ed-b7f6-fa163e504fdd", "description" : "simple database", "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/file/test
ina Score(有靶点)、Score、Similarity、QED、SaScore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表优化后小分子的综合打分。 Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。
objects 配体文件列表,当前仅支持1个。 数组长度:1 - 1 engine 否 String 引擎,支持DSDP、AUTODOCK_VINA、SIMILAR_DOCKING。 缺省值:AUTODOCK_VINA 最小长度:0 最大长度:15 表4 CreateDrugJobBasicInfo
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