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对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。
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"baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir"
简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是 作业名称。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --labels -l 否 作业标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --add-command
项目角色列表 size Long 项目桶存储量 status String 项目状态 tags Array of strings 标签列表 description String 项目描述 create_time String 项目创建时间 update_time String 项目更新时间 delete_time
eihealth_project_name String 项目名称 eihealth_project_id String 项目id description String study描述 create_time String study创建时间 update_time String study更新时间
t-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 description 否 String 描述信息,取值范围[0,1024] 最小长度:0 最大长度:1024 storages 是 Array of NotebookStorage
下载单个对象时可指定的对象版本号。 --ps -s 否 每个分段下载任务的段大小,单位:字节,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
-s 否 每个分段移动任务的段大小,单位:字节,取值范围是100KB~5GB,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
failed}_report_时间_TaskId.txt。单个结果清单文件默认情况下最大为30MB且最大可保留的文件个数为1024,可在配置文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。
助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详
-s 否 每个分段上传任务的段大小,单位:字节,取值范围是100KB~5GB,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
查看节点执行规则 图7 查看节点伸缩历史 图8 查看关联节点列表 配置缩容策略 缩容策略只支持统一配置,且不会对手动购买的计算资源节点缩容。 在平台右上角用户名中选择“系统资源>计算资源>节点伸缩策略”。 单击“配置缩容策略”。 图9 配置缩容策略 表2 缩容策略参数说明 参数 说明 空置时间
VersionRsp 参数 参数类型 描述 version String 资产版本号 publisher String 发布者 description String 资产长描述 summary String 资产短描述 license String 许可证 status String
区域是一个地理区域的概念,由于带宽原因,会在多个地区建立数据中心,提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四,区域名称为cn-north-4;部署在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右
对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打
程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
区域是一个地理区域的概念,由于带宽原因,会在多个地区建立数据中心,提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四,区域名称为cn-north-4;部署在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。
登录盘古辅助制药平台。 单击“进入平台”,进入药物平台操作页面。 单击“功能模块 > 苗头化合物发现 > 分子对接模块”,进入分子对接配置页面。 根据分子对接章节完成参数配置。 分子对接任务完成后,单击“作业中心 > 作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程