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obsutil_checkpoint。 每个分段上传任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或被中断后,下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --msm -N 否 开启多文件/文件夹上传模式,支持的值:[1
作业运行失败描述信息,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 作业运行失败原因,当作业执行失败时会返回 workflow_name String 流程名称 workflow_id String 流程id command_line String nextflow执行命令 params
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get retention # 执行成功返回结果如下 Name Retain Number message 500000 Name
的其他项目。 图2 归档数据 执行归档操作时,归档的对象,其最深目录下的对象路径长度不能超过987,否则会归档失败。例如,选择项目中的 a/目录进行归档,a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时,若包含禁止删除的文件
h-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get vendor-config # 执行成功返回结果如下 the vendor name is xxxx,and download the logo picture to /root/demo/
于数据流的程序模型,因此不用自己去写复杂的并行化的程序,只需要关注“数据流”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智
功能点2:自动提交EIFlow代码任务 功能点3:报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤 功能点5:手动中断当前状态,进行修改或加载其他步骤状态 中断修改计划 中断修改代码 人为中断、加载任意步骤状态,可以应对多种意外情况,比如:
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get label # 执行成功返回结果如下 Id Label Creator Created
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
summary:汇总分子对接结果。 图4 数据路径和流程图 图5 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图,可查看详细的
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get quota # 执行成功返回结果如下 Name Used Total Unit Total projects
从源项目lmx-project-02导入镜像到当前项目。 health docker import lmx-project-02/demo-image-1:1.0 # 执行成功返回结果如下 import image succeesfully! 父主题: 镜像管理命令
Boolean 是否开启cpu执行策略 cpu_percent Integer cpu分配率百分比 add_nodes_for_cpu_rule Integer 满足扩容策略中cpu分配率时增加的节点数 mem_rule_enable Boolean 是否开启mem执行策略 mem_percent
io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publ
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 health docker pull demo-project/demo-image:v1.0 # 执行成功返回结果如下 6be353e4af51: Pull complete Digest: sha256:8c00710a899746ec5
项目管理员具备除了删除、冻结、转移、解冻、恢复外其他的完整项目权限。 开发者 项目开发者可在项目内执行完整的操作,如Notebook、流程管理等,但无项目分享等权限。 上传者 项目数据上传者,可通过EIHealth平台或命令行工具上传数据。无法执行流程和Notebook等操作。 观看者 项目查看人员仅具备项目查看权限,无项目操作权限。
作业的详细描述信息。 --labels -l 否 作业标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --add-command -a 否 作业额外执行的命令,如:--param1 hello。 --params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径。 --priority -o
finish_time String 作业结束时间 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 失败原因,当作业执行失败时会返回 user_name String 创建任务的用户名称 tool_info ToolInfoDto
tebook:cuda11.0-custom-v1.0.8 在基础镜像中,为您内置了CUDA11.0环境。使用CUDA11.0环境前,需要执行以下命令导入环境变量。 export PATH=$PATH:/usr/local/nvidia/bin export LD_LIBRARY
数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败”的任务,单击图标,允许修改任务参数,再次提交任务。 图5 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出