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作业的详细描述信息。 --labels -l 否 作业标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --add-command -a 否 作业额外执行的命令,如:--param1 hello。 --params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径。 --priority -o
数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败”的任务,单击图标,允许修改任务参数,再次提交任务。 图5 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出
finish_time String 作业结束时间 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 失败原因,当作业执行失败时会返回 user_name String 创建任务的用户名称 workflow_name String
strings 自动作业标签 priority Integer 自动作业优先级,[0,9],0表示最低,默认0 timeout Integer 作业执行超时时长,取值范围: [1, 144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 status String 自动作业状态
olkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get message --limit 5 # 执行成功返回结果如下 Resource Name Resource Type Message Type Project Name
删除单个对象时生成结果清单文件。 --versionId -V 否 待删除对象的版本号。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果和失败结果两个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
参数类型 描述 job_quota Integer 允许同时运行的作业数 最小值:1 最大值:100 job_timeout Integer 作业执行超时时长,单位天 最小值:1 最大值:60 cpu_quota Integer 作业的CPU资源配额,单位核 最小值:1 最大值:1024
例如,将app1和app2连接接起来,app1的输出,app2的输入均为file类型。 单击应用图标,弹出编辑、删除、复制图标,可对应用执行相应操作。 图5 编辑应用 单击按钮,进入参数设置页面,可查看修改参数。 名称:应用的原始名称。 版本:应用版本。 显示名称:应用在流程中的显示名称,可修改。
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true sub_paths 是 Array of strings
批量删除分段上传任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultJobs。 批量删除分段上传任务时该参数可选。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果和失败结果两个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
<image-name:tag-name> [flags] # 命令示例 health docker push project-demo-image:v1.0 执行health docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。
JobEventRsp objects 作业事件列表 表4 JobEventRsp 参数 参数类型 描述 action_name String 执行动作名称 count Integer 作业启动事件发生次数 first_timestamp String 作业启动事件首次上报时间 last_timestamp
是否必选 参数类型 描述 asset_id 是 String 资产ID 最小长度:1 最大长度:128 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true target_folder 否 String 目标文件夹
job_quota 是 Integer 允许同时运行的作业数 最小值:1 最大值:100 job_timeout 是 Integer 作业执行超时时长,单位天 最小值:1 最大值:60 cpu_quota 是 Integer 作业的CPU资源配额,单位核 最小值:1 最大值:1024
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true source_project_id 是 String 源项目ID
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true target_folder 否 String 目标文件夹
步骤2:新建流程 在“工具 > 流程”页面,单击“新建流程”按钮,填写流程名称,版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上,这里我们将fastp,bwa-mam,bamqc,picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。 图4 拖拽应用
位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 图1 设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下