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目时,才可以被移除。在用户的操作列,单击“移除”,移除对应的用户。 图2 移除子用户 安全设置 在用户管理页面,可以重置用户的邮箱、手机号和密码信息。在用户操作列,单击“安全设置”,重置用户的相关信息。 图3 重置用户信息 配额设置 您可以对用户管理中的某个用户设置配额。在用户操
区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。您可以查看各类资产的详细介绍和使用方法,并订阅资产至项目中使用。
节,可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析,从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 您在使用命令行工具时,需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤
基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。
流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不
对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默
制作Docker镜像 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软
容,流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 流
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。
购买资源 盘古辅助制药平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包
购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。 生效时间 选择购买套餐包后的生效时间。目前支持支付完成后立即生效和指定生效时间两种方式。 如果支付时间晚于指定生效时间,资源包将在支付后立即生效。 图2 购买套餐包 设置完成后,单击“立即购买”,然后单击“确认”。
无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的
基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制,输出变异数目,变异类型统计等指标。 流程优势 使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-f
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):
图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项,其他参数可选填。 图2 流程参数 填写“超时时间”、“输出路径”。 为可选参数,基于流程创建分析作业时,该参数可重新定义。
图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”,保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前,请先参考上传数据,上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。
bqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get job -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取作业模板。 获取作业详情,以模板方式展示。 health get job
要存在)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。