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包的使用情况、购买记录以及购买套餐包,也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源,此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
项目成员和权限 盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图5 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图6 执行命令 父主题: 开发环境(Notebook)
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 您在使用命令行工具时,需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤 登录华
在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过850
Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 bwa-mem:0
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配
校验token 获取指定用户详情 修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置 查询用户设置 父主题: 系统管理
创建分析应用时,您可以通过Docker Hub等镜像仓库,搜索引擎,自己制作等途径获取所需的镜像。 例如,可在Docker Hub获取bwa软件(用于将基因序列比对到参考基因组上)。 以下类型镜像,建议您通过Docker Hub获取,不建议自己制作。 基础操作系统类镜像,如Ubuntu、Suse、Centos等。
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。