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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具
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靶点口袋分子设计 - 医疗智能体 EIHealth
始配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 分子量:自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入模式下平台会将用户输入的分子量作为强约束对分子设计过程进行限制,不合适的分子量范围可能会导致没有结果输出。 片段优化方式:目前只支持侧链修饰和骨架跃迁。
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配置命令行工具 - 医疗智能体 EIHealth
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。
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查询分子对接作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为
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使用AutoGenome镜像 - 医疗智能体 EIHealth
Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码,您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。 以“pbmc_res_vae.ipynb”为例,用户可以打开相应的代码集,直接运行该Notebook,也可以调整代码集中的代码,进行二次开发。 图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维
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命令行工具概述 - 医疗智能体 EIHealth
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。
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查询自由能微扰作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为
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分子优化 - 医疗智能体 EIHealth
颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果
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购买系统资源 - 医疗智能体 EIHealth
在已购买资源的“操作”列,单击“删除”。 图16 删除资源 查找资源 普通搜索:在搜索框中输入关键字,单击按钮查找资源。 图17 查找资源 高级搜索:计算资源支持按照名称、运行状态、计费模式、规格名称、标签进行搜索。 输入某一项搜索条件后,单击“搜索”即可查找出相关信息。 图18 高级搜索 资源统计
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下载数据 - 医疗智能体 EIHealth
件会保存在该目录,请确保运行obsutil的用户对该路径有写权限。该路径的可用空间需要大于待下载对象的大小。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的下载操作。 --vlength -v 否 下载完成后,验证本地文件大小是否与桶中对象的大小一致。 --vmd5 -M
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增量同步 - 医疗智能体 EIHealth
参数可选。 --arcDir -g 否 同步上传文件成功后的归档路径,上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的上传操作。 --link -k 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数,而待上传的文件是一个软
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文件拷贝 - 医疗智能体 EIHealth
增量复制,设置该参数后,复制时会判断是否有同名文件,若有同名文件,则跳过不进行复制。 --fr -R 否 复制对象时生成结果清单文件。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的复制操作。 --crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式,以通过数据流的方式从源桶直接复制数据到目标桶,且两个桶可以是任意两个OBS服务的桶。
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移动对象 - 医疗智能体 EIHealth
移动对象时生成结果清单文件。移动对象时该参数可选 。 --flat -l 否 移动时,不包含上一级父对象名前缀。批量移动时该参数可选 。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的移动操作。 --update -u 否 增量移动操作,设置该参数后,移动每个源对象时会对比目标桶中对应路径的目标对象
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查询作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
-t 否 流程名。 --user-name -u 否 用户名。 --job-name -j 否 任务名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get job -s
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上传数据 - 医疗智能体 EIHealth
上传对象时生成结果清单文件。 --arcDir -g 否 上传文件成功后的归档路径,上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的上传操作。 --link -K 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数,而待上传的文件是一个软