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邮箱连通性测试 - 医疗智能体 EIHealth
邮箱连通性测试 功能介绍 邮箱连通性测试 URI POST /v1/{project_id}/messages/email-connection-test 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
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错误码(AI辅助药物设计) - 医疗智能体 EIHealth
Text type error. 更改输入文本为字符串类型。 400 eihealth.03011002 Input key error. 更改关键字为“text”。 400 eihealth.03011003 Text length error. 输入文本长度需在1-256之间。 401
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获取示例数据 - 医疗智能体 EIHealth
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
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JupyterLab简介及常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加
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删除项目 - 医疗智能体 EIHealth
使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删,执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目,只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致,命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project <project-name>
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eihealth - 医疗智能体 EIHealth
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
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新建应用 - 医疗智能体 EIHealth
详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入,每行最多256字符,最多支持300行。 例如,bamqc软件输入参数填写为genomedir、thread和input,输出参数为
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执行分析作业 - 医疗智能体 EIHealth
左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1 流程输入、输出和依赖 类别 类型 说明 输入 Fastq 输入基于二代测序得到的原始Fastq文件,支持来源于多个barcode和路径的输入。 依赖 Reference Genome 输入的参考基因组序列,已经通过bwa构建了index。
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查询应用 - 医疗智能体 EIHealth
否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索应用。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get app -s
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查询流程 - 医疗智能体 EIHealth
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get workflow
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使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 - 医疗智能体 EIHealth
“OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明 fastqc 输入参数 in-dir directory fastq目录,包含待分析的fastq格式的文件。 fastq-extend
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使用Variant Calling Based On NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
“OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明 fastp 输入参数 fastq-file1 file 二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2
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流程配置文件说明 - 医疗智能体 EIHealth
流程配置文件说明 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程
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应用配置文件说明 - 医疗智能体 EIHealth
工具上传模板,创建应用。 修改模板时,需填写镜像地址,获取方法请参见获取镜像地址。镜像制作和上传方法请参见镜像管理和创建FastQC应用样例。 # 详情说明可参考API文档中应用管理-创建应用 app: name: 'demo-app'
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上传应用 - 医疗智能体 EIHealth
description: 'description' # 应用描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 labels: # 应用标签 取值范围[0,5],标签名称长
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约束限制 - 医疗智能体 EIHealth
对于publishDir配置,用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的, 供参考。 写法1: 写法2: 正向用例 如下所示为一个不带业务属性(仅执行基本数学运算)的正向用例,包含了输入输出,串并联场景,适用面较广。 process PROCESS_A {
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创建流程 - 医疗智能体 EIHealth
128] 最小长度:0 最大长度:128 description 否 String 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 最小长度:0 最大长度:65535 labels 否 Array of strings 流程标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度3
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更新流程 - 医疗智能体 EIHealth
128] 最小长度:0 最大长度:128 description 否 String 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 最小长度:0 最大长度:65535 labels 否 Array of strings 流程标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度3
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Notebook安装Conda指导 - 医疗智能体 EIHealth
在第二个暂停中,将显示用户许可协议,按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后,输入“yes”,然后按“Enter”。 选择安装位置,按“Enter”。 安装完成后,输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。 执行以下命令初始化Anaconda配置。 export PATH
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创建应用 - 医疗智能体 EIHealth
128] 最小长度:0 最大长度:128 description 否 String 应用描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 最小长度:0 最大长度:65535 labels 否 Array of strings 应用标签 取值范围[0,5],单个标签最大长度3