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更新应用 - 医疗智能体 EIHealth
128] 最小长度:0 最大长度:128 description 否 String 应用描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 最小长度:0 最大长度:65535 labels 否 Array of strings 应用标签 取值范围[0,5],单个标签最大长度3
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管理作业 - 医疗智能体 EIHealth
重试。单击对应作业操作列“更多>重试”,根据提示对话框,选择“立即重试”或者“更改参数”。 如果选择“更改参数”,系统会跳转至作业参数配置页面,进行修改后,单击“重试作业”。 搜索 普通搜索 在作业管理页面,右上角搜索框中输入作业名称,单击按钮进行搜索。 图3 搜索作业 高级搜索
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资产市场简介 - 医疗智能体 EIHealth
NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 186.2GB。 NGS小数据集 NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。
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标签管理 - 医疗智能体 EIHealth
在“删除标签”弹窗中,单击“确定”。 批量删除标签 您可以一次选中多个标签,单击页面左上角的删除按钮即可。 图2 批量删除标签 查找标签 在搜索框中输入标签名称关键字,单击按钮进行查找。 图3 查找标签 父主题: 系统设置
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系统标签管理 - 医疗智能体 EIHealth
在“删除标签”弹窗中,单击“确定”。 图3 删除标签 批量删除标签 您可以一次选中多个标签,单击页面左上角的删除按钮即可。 图4 批量删除标签 查找标签 在搜索框中输入标签名称关键字,单击按钮进行查找。 图5 查找标签 父主题: 系统设置
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安装/卸载Nextflow - 医疗智能体 EIHealth
卸载Nextflow 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“卸载”。 图3 卸载Nextflow 在弹出的对话框中输入“yes”,单击“确定”。 父主题: Nextflow
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作业执行失败排查思路 - 医疗智能体 EIHealth
will not create hard link相关错误信息 图13 输入输出参数信息 图14 应用信息 图15 失败日志信息 排查思路 检查作业是否存在文件或目录类型的输入参数,并且未开启并发,同时改输入参数还填入了多个值,并且路径存在包含关系,如上图所示。 假定镜像命令为cp
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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检控工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
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分子属性预测 - 医疗智能体 EIHealth
辅助分子设计。 单击“立即使用”,进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100个小分子,且分子文件大小
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方式1:使用预置的NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
1和fastp-file2。 图8 设置fastp输入数据 将GRCh38目录指定成bwa-mem与picard-insertsize的输入。 图9 设置bwa-mem输入数据 图10 设置picard-insertsize输入数据 若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进
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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传? - 医疗智能体 EIHealth
镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。 fastqc软件输入参数填写为input-file、threads,输出参数为output-dir,则镜像启动命令如下所示。 使用-t命令,指定运行所需的线程数量。-o命令,指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。
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方式2:使用预置应用搭建NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。 图5 设置输入、输出关系 若想修改应
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步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。
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创建数据库 - 医疗智能体 EIHealth
选择好文件后,通过设置数据的分隔符、跳过的行数来设置有效数据的起始位置。 常见的分隔符有“;”、“,”、“\t”,除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例,分隔符为制表符,创建数据库时,分隔符填写为“\t”,有效数据从第2行开始,跳过文件行数填写为1。 在本地编写.csv、.txt、.vcf文件时,文件编码格式使用UTF-8。
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错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) - 医疗智能体 EIHealth
Text type error. 更改输入文本为字符串类型。 400 eihealth.03011002 Input key error. 更改关键字为“text”。 400 eihealth.03011003 Text length error. 输入文本长度需在1-256之间。 401
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上传流程 - 医疗智能体 EIHealth
description: 'description' # 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 labels: # 流程标签,取值范围[0,5],标
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步骤2:获取命令行工具 - 医疗智能体 EIHealth
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。例如,放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R,输入cmd,并单击“确定”打开windows的cmd窗口。
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启动作业 - 医疗智能体 EIHealth
--input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。 task间使用;;分
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查看执行结果 - 医疗智能体 EIHealth
在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件;在事件页签,可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业,则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业,鼠标指向作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失
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分子对接 - 医疗智能体 EIHealth
图5 查看输出结果(2) 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图6 查看3D 单击配体对比,可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图7 设置配体对 图8 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图,可以看到对接后的小分子构象与蛋白的2D相互作用图。