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skname3:SFS` 不写的task默认不带加速类型 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 启动作业时，如果包含不存在的计算节点标签，回显类似下图，请先添加计算节点标签。 计算节
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图，若不提供配体文件，则受体文件中必须包含配体；若提供配体文件，则受体中的配体（若有）则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。
消息中心用于所有用户的异步任务场景下的事件处理通知和系统通知，如项目删除、数据删除、数据导入、流程执行完成等，给予状态通知。 单击平台右上角图标，在弹出的“消息中心”中查看异步任务的操作记录和系统通知。 系统通知 在系统通知页签，可以查看系统通知的内容、时间。单击某个消息，可查看消息的详细内容
Viewer打开，会出现蛋白显示不完整的情况，如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除，即可解决该问题。 父主题： 盘古辅助药物
下载操作会产生流量费用，具体可参考计费说明。 图9 查看结果（1） 图10 高级筛选 分子优化的结果可以查看原始配体和生成后的配体的结构以及属性值对比，可单击“对比”进行查看。可以直观地看到哪些属性变好了，哪些属性变坏了。 图11 属性对比 分子优化结果支持以卡片视图的形式进行查看，参考图13，在卡片视图中： 单击
若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有，可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析，这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3：启动作业
药物和蛋白结合能通过热点图呈现，并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图，可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。 在图6中，页面最右侧显示结合能的最大值和最小值，以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称，在弹窗中单击图标，可以对结合能数据进行排序。 单击图标，在弹窗中可以自定义选择要显示的列。
设置输入、输出关系 若想修改应用的一些参数或删除某些应用，则可以点击每个应用会出现对应的操作图标。例如单击会出现，下方图标分别对应的是修改，删除和复制操作。 构建好流程后单击右上角图标保存，然后关闭当前页面。 步骤3：新建作业 单击作业页面的“新建作业”按钮，并选择需要运行的流程。这里作业名称
summary：汇总分子对接结果。 图4 数据路径和流程图 图5 设置数据库 设置完成后，单击“提交”，执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务，允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现，并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图，可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。
单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比，可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图，可以看到对接后的小分子构象与
登录CSS云搜索服务。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置：选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”，输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格：参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”，不支持“4
据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据 解除引用 将已经引用的数据解除引用关系。有以下两种方式，可以实现解除数据的引用。 单击“操作”列的“解除引用”，解除数据引用关系。 图4 解除引用 鼠标指向左侧数据列表，选择需要解除引用的数据。单击右侧图标，解除引用关系。 图5 解除引用
生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务
将gatk-mergevcfs的输出参数vcf-file与discvrseq-variantqc的输入参数variants-file相连。 图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理
流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
恢复：删除的项目在删除后6天内都可以恢复成“可用”或者“冻结”状态。 图1 项目管理 分享项目 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户，才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 已创建一个项目。 操作步骤 单击“操作”列“分享”。 图2 分享项目
上传数据是最常用的添加数据功能，但由于网页传输大文件时存在一定的限制，所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中，这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员，请参考用户指南中的项目成员和权限。
ux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一
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