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管理作业 作业状态 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称,查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定
查询分子合成路径规划任务 功能介绍 通过分子合成路径规划任务ID查询分子合成路径规划任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
数据的上传和下载 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS
创建作业 创建作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用
工具管理 工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
获取供应商logo和名称设置 使用get命令获取供应商logo和名称配置,默认将供应商logo图片下载到本地路径。 命令结构 health get vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit
url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
作业执行失败排查思路 作业执行失败,有如下场景: 场景1:作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。 场景2:作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理
获取应用详情 功能介绍 获取应用详情 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id
更新应用 功能介绍 更新应用 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id 最小长度
新建分子合成路径规划任务接口 功能介绍 输入要进行合成路径规划的分子以及输出可行方案的个数。 URI POST /v1/{project_id}/task/synthesis 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数
创建应用 功能介绍 创建应用 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目
最新动态 本文介绍了医疗智能体EIHealth各特性版本的功能发布和对应的文档动态,新特性将在各个区域(Region)陆续发布,欢迎体验。 2021年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用
资产市场 资产市场简介 使用Variant Calling Based On NGS流程 使用Docking Summary流程 使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程