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附录 状态码 错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 错误码(AI辅助药物设计) 获取项目ID 配置OBS访问权限
ix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1
若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页,找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。 单击操作列的“更多
引用OBS类型数据时,如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建作业,并不可下载。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。
最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。 输出小分子表征:是否输出小分子表征文件,小分子表征文件可以用作训练模型使用,默认是不输出。 作业名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。
通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 父主题: Notebook
mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具,使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --domain-name -d 是 与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员(购买平台的账户)登录时,user-name和domain-name一致。 --password -w
并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建,并执行成功,然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建,进而获取
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步,配置其余参数 分子量:自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入模式下平台会将用户输入的分子量作为强约束对分子设计过程进行限制,不合适的分子量范围可能会导致没有结果输出。 选择属性模型
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持S
/v1/{project_id}/task/synthesis 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户 token
/v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id 是 String 分子合成路径规划任务ID 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时,与EIHealth平台数据导入功能对应,即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径,只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名,复制文件时该参数可选。
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
基本概念 账号 用户注册华为云时的账号,账号对其所拥有的资源及云服务具有完全的访问权限,可以重置用户密码、分配用户权限等。由于账号是付费主体,为了确保账号安全,建议您不要直接使用账号进行日常管理工作,而是创建用户并使用创建的用户进行日常管理工作。 用户 由账号在IAM中创建的用户
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令