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生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图,若不提供配体文件,则受体文件中必须包含配体;若提供配体文件,则受体中的配体(若有)则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数,可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数,可选。 设置目录或文件是否允许删除。取值包括:allow、deny。
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板,上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。
流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于项目中。同时,您也可以通过“导入流程”的方法,将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。 创建好的流程显示在流程列表中,您可以基于这些流程创建分析作业。
分子属性预测 基于盘古药物分子大模型,预测化合物ADMET相关的80多种成药属性,有些属性的预测值会给出置信区间,更好地辅助分子设计。 单击“分子属性预测”功能卡片,进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。
successfully! 执行以上命令,会在系统所在的用户目录下自动生成“.health”文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持S
#app的许可证 health get app -s > app.yaml 将app yaml模板文件存储到当前所在路径的app.yaml文件中 health get app 91a3bdf6-c445-11ec-a9f3-fa163e507c84
单分子预对接 功能介绍 单分子预对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建CPI作业 功能介绍 创建CPI作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。
Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 space 是 Integer 存储空间,单位GB 最小值:1 最大值:327680 count 是 Integer 购买数量 最小值:1 最大值:10 响应参数 无 请求示例
响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 平台ID 最大长度:64 storage Long 存储量,单位:byte project_num Integer 项目总数 charge_mode Integer 计费模式 is_arrears