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picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。 图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数，bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数，参考图进行连接。
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务（OBS）存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分，从项目角度进行数据的管理，不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面，“数据”页签中，完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务（OBS）存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分，从项目角度进行数据的管理，不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面，“数据”页签中，完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
由账号在IAM中创建的用户，是云服务的使用人员，具有身份凭证（密码和访问密钥）。 区域（Region） 从地理位置和网络时延维度划分，同一个Region内共享弹性计算、块存储、对象存储、VPC网络、弹性公网IP、镜像等公共服务。Region分为通用Region和专属Region，通用Region指面向公
创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型，目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据，对盘古药物分子大模型进行微调，进行属性预测和迭代活性优化，实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据，对盘古药物分子大模型进行增量预训练，提升化合物表征精度。
基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像，依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像，您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。
创建数据库 名称：数据库名称。长度为5-32个字符，首位需小写英文字母开头，仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。最终租户下的所有用户数据库名称不能重名，可以和官方数据库名称重名，不区分大小写。目前支持的官方数据库有DrugBank、ZINC、TopSciense、DrugSpaceX。
lth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health
单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。
修改应用 使用edit或update命令修改应用的内容，应用的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit app ID [flags] # edit和update作用相同 health update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选
面。 在创建扩容策略页面配置相关信息。 表1 参数说明 参数 说明 策略名称 设置策略名称。策略名称长度1-64，只支持字母，数字，中划线和下划线。 如果从操作列“更多>配置扩容策略”进入创建页面，策略名称会有默认值，默认名称会携带规格信息。 计费模式 按需计费。扩容的节点只支持按需计费。
载运动轨迹。结果页面支持Pair和Ligand两种查看方式。 Ligand查看方式下，可对结果进行收藏，在Ligand中的收藏同步3D视图。如果取消收藏，单击，弹出取消收藏页面，单击“确认”，取消收藏。 也可以下载输出结果文件包含小分子的基本信息和属性。 下载操作将会产生流量费用，具体可参考计费说明。
在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health config add [flags]
NBConvert：转换工具 Heading：快捷添加MarkDown标题 4 代码Cell 代码单元格。每一个Cell有两种模式：命令模式和编辑模式。 最左侧为蓝色条时，是命令模式，绿色条表示编辑模式（此时Cell中有光标，可以进行代码编写）。在命令模式下，按下“Enter”键或
destdir 无 是 目的路径。 --rename -e 否 重命名，上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹，上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时，
bqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本
目前分子属性预测返回的结果小分子数较多，无法进行批量分析，通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证，提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架，来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后，系统开始进行分析，同时显示“聚类分析中”。
当前项目。 --yaml和--workflow命令不能同时存在。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称，该参数与流程中的输入参数对应，通过修改--input，修改输入数据。 选择时，input和input-file二选一。
可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强： 单一可执行文件，方便拷贝与安装。 支持多操作系统，包括Windows、Linux和MacOS，满足不同开发者需求。 使用命令行工具执行数据
开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。 创建FastQC应用时，需要您熟悉该软件的使用，并具备一定的开发经验。FastQC的详细介绍请参考FastQC介绍。使用
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