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力，大数据等技术加速计算过程。 支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询，提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome，深度融合人工智能技术，产生更加便捷、快速、准确、可解释的医疗智能模型，加速医疗大健康行业的研究工作。
多的合理合成路径；路径数量减少，可能会有部分合理路径未展示。默认值50，取值范围1-50。 最大搜索深度：深度增加，每一个路径可进行搜索的深度限制增加，作业运行时间可能延长；深度减少，部分路径可能在还未搜索完成时被终止。默认值5，取值范围3-12。 最大搜索时间：合成路径规划的搜
图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGeno
64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1
区，提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用，加速基因、药物、临床应用的开发与落地，保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。您可以查看各类资产的详细介绍和使用方法，并订阅资产至项目中使用。
Integer 期望最大返回条目数（排序后取TopN） 最小值：1 最大值：50 max_search_depth 是 Integer 预测路径的最大深度 最小值：3 最大值：12 max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量 最小值：2 最大值：20
测序数据质量的总体评估 评估测序的Reads数目，测序Base数，测序深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的b
on STAR”流程操作列，单击“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项
Integer 期望最大返回条目数（排序后取TopN） 最小值：1 最大值：50 max_search_depth Integer 预测路径的最大深度 最小值：3 最大值：12 max_prediction_per_product Integer 每个产物的最大反应数量 最小值：2 最大值：20
优先级：运行优先级，分为0~9级，优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用和作业都配置了标签，如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上，则应用调度至该计算节点上；应用和它的作业，不管节点标签是否一致，都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。
Integer 期望最大返回条目数（排序后取TopN）。 最小值：1 最大值：50 max_search_depth Integer 预测路径的最大深度。 最小值：3 最大值：12 time_limit Integer 搜索最大时间，单位:分钟。 最小值：5 最大值：60 max_prediction_per_product
如：xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。 步骤3：创建分析作业 单击项目名称，进入“项目管理”页面，并选择“工具”页签。 单击ngs“操作”列“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先
生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的分子结构
官能团之间的关系是“和”，即生成的分子都会满足这几个官能团。 如果需要设置相互作用力的约束，可以在约束条件中设置“Interaction”，然后选择“包含”或者“排除”，包含相互作用力或者去除相互作用力。在相互作用力约束条件设置中，可以选择相应的靶点、氨基酸和相互作用力，相互作用力支持H
流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不
生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的分子结构
图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”，保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。
单击Docking Summary“操作”列“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项
在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取：可以选择版本，目前支持选择的安装包版本v22.10.6，v22.10.0，v22.04.0。 上传安
法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的
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