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API概览 医疗智能体平台所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。
API(AI辅助药物设计) 分子生成(MG) 分子优化(MO) 靶点化合物结合预测(CPI) 分子属性预测(MPP) 分子搜索(MS) 分子合成路径规划任务(MSP) 自定义属性任务(MCP)
败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打开Task详情,查看对应的processname和执行日志。
String 项目名称 creator String 项目所有者 role String 当前用户在该项目上的角色 size Long 项目桶存储量 status String 项目状态 tags Array of strings 标签列表 description String 项目描述
当前用户在该项目上的角色 roles Array of ProjectRoleRsp objects 项目角色列表 size Long 项目桶存储量 status String 项目状态 tags Array of strings 标签列表 description String 项目描述
picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。 图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。
表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 asset_id 是 String 资产id。长度1-64,只能包含字母、数字、下划线和中划线 最小长度:1 最大长度:128 asset_version 是 String 资产版本。长度1-128,字母或数字开头,后面跟小写字母、数字、小数点、斜杠、下划线或中划线
最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:0 最大值:5000 initial_dataset_size
最小长度:1 最大长度:63 表4 NotebookStorage 参数 是否必选 参数类型 描述 path 是 String notebook存储路径 最小长度:1 最大长度:4096 mount_path 否 String 挂载路径,由于目前暂不支持自定义挂载,暂不开放 最小长度:1
csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter Notebooks一样的组件。 打开JupyterLab 选择状态为“运行中”的Notebook实例,单击“
BindSiteDto object 结合位点。 binding_sites Array of BindSiteDto objects 受体列表和受体是二选一的关系,受体列表优先级最高。 数组长度:0 - 2 weak_constraints Array of WeakConstraintDto
StructureConstraintParams object 结构约束参数 quantiles Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表8 StructureConstraintParams 参数 参数类型 描述 structs
StructureConstraintParams object 结构约束参数 quantiles Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表9 StructureConstraintParams 参数 参数类型 描述 structs
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 asset_id 是 String 资产id。长度1-128,只能包含字母、数字、下划线和中划线 最小长度:1 最大长度:128 asset_version 是 String 资产版本。长度1-128,字母或数字开头,后面跟小写字母、数字、小数点、斜杠、下划线或中划线
法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的
入门 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 快速入门 关键概念 使用流程 初始化数据盘 什么是ECS
struct 否 表5 object 结构约束参数 quantiles 否 Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表5 StructureConstraintParams 参数 是否必选 参数类型 描述
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
StructureConstraintParams object 结构约束参数 quantiles 否 Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表5 StructureConstraintParams 参数 是否必选 参数类型 描述
ReceptorDrugFile object 受体文件。 bounding_box 否 BoundBoxDto object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion 否 Boolean 去除受体中的离子。 缺省值:true remove_water 否 Boolean 去除受体中的水分子。