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计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。 在“作业中心”页面,单击作业操作列的“克隆”。 在作业详情页面修改对应的参数信息。 参数确认无误后,单击“提交”按钮。
在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间和完成时
HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤 图2 搭建步骤 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击“镜像导入”。并选择镜像所在的项目、镜像和镜像版本。 图1 镜像导入 单击“确定”,完成镜像导入。 从其他项目导入的镜像,在镜像列表“源项目”列中,显示所属的项目。
1.9.0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 上传镜像 请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
流程名称:选择已创建的流程,如果还未创建,可参考新建流程进行创建。 优先级:设置作业优先级。在资源充足的情况,高优先级先于低优先级。在满足条件的资源规格情况下,高优先级的先于低优先级投递。如果资源不满足,则优先处理资源满足的作业。例如,资源有2u2g,低优先级的需要1.8u1.8g,高优先级的需要2
数据保护策略介绍请参见数据控制与数据审计。 图1 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。
物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。 平台为您提供高性能、高可靠性、高性价比的计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行,提升医疗健康的服务能力和普惠水平。同时通过丰富的加速技术,实现算法工具的数倍加速,加速生物医疗大数据的分析。 平台由项目管理、数据管
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如下,例如EIHealth部署的区域为"cn-north-
用户注册华为云时的账号,账号对其所拥有的资源及云服务具有完全的访问权限,可以重置用户密码、分配用户权限等。由于账号是付费主体,为了确保账号安全,建议您不要直接使用账号进行日常管理工作,而是创建用户并使用创建的用户进行日常管理工作。 用户 由账号在IAM中创建的用户,是云服务的使用人员,具有身份凭证(密码和访问密钥)。
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
服务区域名称。请依据实际购买平台的区域填写。当前支持华北-北京四(cn-north-4)、华东-上海一(cn-east-3)。 --platform-id 是 平台ID,获取方法请参见步骤1:获取认证信息。 方法2:使用AK、SK初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTHER”,您
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: