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提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何通过循环读取输入数据，批量运行NGS。同时，您也可以参考本示例，将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要
EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook
本。 依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。 fastqc软件输入参数填写为input-file、threads，输出参数为output-dir，则镜像启动命令如下所示。 使用-t命令，指定运行所
为了保证平台业务安全，您在平台内购买的计算资源，将部署在独立的、专属资源池中。Notebook与流程作业均在此资源池运行，其中Notebook启动用户为health-user，流程作业默认启动用户为root。 平台提供了必要的加固措施以保证容器安全、隔离性及数据安全，但由于容器技术本身的限制，仍可能存在容器逃逸等问题，进而导致越权访问。
自动作业管理 获取自动作业模板列表 创建自动作业模板 删除自动作业模板 更新自动作业模板 查询自动作业模板 启动自动作业 停止自动作业 父主题： 应用管理
查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 作业管理 启动、停止、取消、重试、更新、删除 √ √ √ - - 查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 自动作业管理 启动、停止、创建、更新、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ Nextflow 启动、停止、重试、创建、更新、删除 √ √
计算资源扩缩容 创建扩容策略 查询扩容策略列表 获取扩容策略详情 修改扩容策略 删除扩容策略 获取策略关联计算资源列表 获取策略伸缩历史 获取策略事件 启动自动扩容策略 停用自动扩容策略 修改缩容策略 查询缩容策略 父主题： 系统管理
操作：可以单击操作列“删除”，删除对应的参数。 图2 配置流程参数 参数配置完成后，单击“保存”。 流程创建成功后，单击“保存并启动作业”，或者在流程管理页面，单击流程列表操作列的“启动作业”进入作业设置页面，配置作业的相关信息，具体可参考新建作业。 父主题： Nextflow
进入“工具 > 应用”界面。 图2 进入应用界面 单击“新建应用”，创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号{}扩起，以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir}
计算资源管理 购买计算资源 查询计算资源 删除计算资源 获取节点剩余配额 查询计算资源规格 关闭计算资源 重启计算资源 启动计算资源 修改计算资源调度信息 查询计算资源调度信息 查询bms计算资源显卡id列表 获取EVS配额及使用情况 父主题： 系统管理
理输出文件，也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数，添加方式与方式1相同。 配置好参数后，单击右上角“启动作业”按钮启动作业，同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4：查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。 父主题： 运行作业
单击应用图标，弹出编辑图标，单击按钮，设置应用参数。 参数确认无误后，单击界面上方“启动作业”按钮，可以直接基于该流程创建分析作业。 通过“工具”页面创建 在“工具”页面，流程列表中，单击“操作”列“启动作业”。在弹出的作业设置页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，
医疗智能体平台提供了REST（Representational State Transfer）风格API，支持您通过HTTPS请求调用，调用方法请参见如何调用API。 父主题： 使用前必读
更新流程 功能介绍 更新流程 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihe
删除流程 功能介绍 删除流程 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{e
获取流程详情 功能介绍 获取流程详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{
单击按钮，进入参数设置页面，可查看修改参数。 名称：应用的原始名称。 版本：应用版本。 显示名称：应用在流程中的显示名称，可修改。 镜像启动命令：镜像启动的命令。可在右上角放大查看，在右下角下拉查看。 源项目：显示应用隶属的项目。 输入参数：由用户在创建应用时定义。 输出路径：输出数据的存放路径，可修改。
选项即可，则不会出现本问题场景。 图16 开启并发 若不涉及并发，则优先排查镜像启动命令设置是否合理、是否确实需要复制路径存在包含关系的多个文件或目录。若不存在相关场景，根据实际业务需求，修改镜像启动命令即可。 若确实存在路径需要包含多个文件或目录，可参考如下方案解决。 以下图为
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