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执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格
创建流程 使用create workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。
订阅流程 功能介绍 订阅流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/subscribe 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
数据管理。 步骤3:创建分析作业 单击项目名称,进入“项目管理”页面,并选择“工具”页签。 单击Docking Summary“操作”列“启动作业”,在弹出的新建作业页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。
获取docker login指令 功能介绍 获取docker login指令 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下
您可以使用该工具创建流程,并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程,可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用该工具启动分析作业,并进行查询、删除、重试、取消操作。 notebook 您可以使用该工具创建notebook,并进行查询、编辑、删除和启停等操作。
作业的基本配置信息,以yaml文件导出,包含作业名称,依赖的workflow名称/版本,基本的CPU/Memory配置,输入输出参数等信息。 作业的运行信息,包括每个任务的启动、停止时间、运行状态,日志链接等。 在作业对应的操作列中,单击“更多 > 导出”,导出单个作业的元数据信息。勾选多个作业,在上方单击“导出”,批量导出作业元数据信息。
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”,进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括: 本地分子结构的3D可视化,支持多种显示样式,支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
统计全局流程、作业信息 功能介绍 统计全局流程、作业信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/workflow-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
o}:{image-tag} commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符,支持多行输入,最多支持300行。 - 'echo eihealth;'
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
获取流程列表 功能介绍 获取流程列表 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
作业日志存储链接 pod_create_time String task的pod创建时间 pod_start_time String task的pod启动时间 job_failed_times Integer task的cce job失败次数 表14 IoAccInfoDto 参数 参数类型
docker镜像地址,取值范围[5-255],不能包含中文字符 commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符,支持多行输入,最多支持300行。 - 'echo eihealth;'