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编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。
stq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤,涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant Calling
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题: 通用工具
ADMET属性预测接口(默认+自定义属性) 功能介绍 计算小分子的物化性质,包括默认的吸收(adsorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、清除(excretion)与毒性(toxicity),以及用户自定义的属性。 URI POST /v2/{project_id}/admet
databases 是 Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n 否 Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 响应参数 无 请求示例 创建一个分子搜索任务 { "smiles" : "c1ccccc1",
对于由多个应用构成的分析作业,通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色:运行成功。 红色:运行失败。 蓝色:等待运行。 灰色:被取消运行。 蓝色圆圈:运行中。 作业运行的时间,可以通过“概述”列的进度条进行查看。进度条中的颜色与应用状态颜色对应。单击进度条中的颜色块,可以展开并查
String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data CpiTaskData object CPI任务的请求体 result CpiResult object CPI任务的返回结果 表4 CpiTaskData
属性约束类型bool的参数 range 否 Array of numbers 属性约束类型range的参数 struct 否 表5 object 结构约束参数 quantiles 否 Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0
objects 用户已开启的自定义属性集合 表4 CustomProp 参数 是否必选 参数类型 描述 id 是 String 自定义属性的ID(API侧) 最小长度:1 最大长度:64 prop_definition 否 PropDefinition object 属性定义的元信息 表5 PropDefinition
max_search_depth 是 Integer 预测路径的最大深度 最小值:3 最大值:12 max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量 最小值:2 最大值:20 响应参数 无 请求示例 创建一个分子合成路径规划任务 POST https:
ok”区域下,选择适用的AI引擎,单击后将新建一个对应框架的Notebook文件。 由于每个Notebook实例选择的工作环境不同,其支持的AI框架也不同,下图仅为示例,请根据实际显示界面选择AI框架。 图3 选择AI引擎并新建一个Notebook 新建的Notebook文件将呈现在左侧菜单栏中。
程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标 size 否 Array of numbers 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小 最小值:1.7 最大值:500 表8 CustomProp 参数 是否必选 参数类型 描述 id 是 String 自定义属性的ID(API侧) 最小长度:1