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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。 创建FastQC应用时,
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配置OBS访问权限 - 医疗智能体 EIHealth
可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全,服务无法直接获取到用户数据,需要用户开启OBS的公共读授权。 开启公共读权限
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修改应用 - 医疗智能体 EIHealth
标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml
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导入或上传镜像 - 医疗智能体 EIHealth
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击
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数据库(可选) - 医疗智能体 EIHealth
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
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创建归档 - 医疗智能体 EIHealth
test # 返回结果如下 create archive h-test2 successfully! Linux和macOS使用时,多个路径使用;进行分隔,整个路径使用''引起。例如: ./health create archive lmx-test-cli --path 'newjob/;output/'
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删除项目 - 医疗智能体 EIHealth
project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete project demo-project
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安装容器引擎 - 医疗智能体 EIHealth
容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com
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创建数据库 - 医疗智能体 EIHealth
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
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用户管理介绍 - 医疗智能体 EIHealth
权限。 图1 系统级别用户管理 图2 项目级别用户管理 购买平台的账号是资源的归属以及使用计费的主体,对其所拥有的资源具有完全控制权限。 在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户。可以使用“用户管理”功能,创建子用户,并给子用户分配管理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。
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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建,进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进入NGS流程所在的项目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用health
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资源看板 - 医疗智能体 EIHealth
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
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创建自动作业模板 - 医疗智能体 EIHealth
1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array of JobTaskDto objects 自动作业依赖的流程信息
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标记镜像 - 医疗智能体 EIHealth
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
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下载数据 - 医疗智能体 EIHealth
文件的最后修改时间不一致。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 下载数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。例如,使用health switch project test命令进入到名为test的项目中。
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创建虚拟药物筛选任务 - 医疗智能体 EIHealth
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
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导入用户 - 医疗智能体 EIHealth
导入用户 盘古辅助制药平台支持把IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击“导入用户”,进入“导入用户”页面。 在导入用户页面,可以选择“用户”或者“用户组”进行导入。
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数据管理简介 - 医疗智能体 EIHealth
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
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作业配置文件说明 - 医疗智能体 EIHealth
io_acc_type #子任务使用的IO加速类型,取值范围SFS、EVS。为空表示不使用加速。SFS表示使用io加速,EVS表示使用本地盘加速 - task_name: app1-2 inputs: -
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数据管理简介 - 医疗智能体 EIHealth
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。