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系统配额及资源使用情况获取 - 医疗智能体 EIHealth
系统配额及资源使用情况获取 获取当前系统配额及资源使用情况 父主题: 系统管理
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Notebook - 医疗智能体 EIHealth
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能? 如何将Notebook中的数据下载至本地? 如何在Notebook中安装外部库?
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获取并使用命令行工具eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
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步骤3:初始化配置 - 医疗智能体 EIHealth
log-path successfully! 清空配置请执行health config clear命令 在Notebook中使用命令行工具 在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时,请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook,并选择Terminal,打开Notebook的命令行界面。
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步骤1:获取认证信息 - 医疗智能体 EIHealth
初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
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镜像 - 医疗智能体 EIHealth
镜像 如何搭建Docker环境? 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传?
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流程、作业 - 医疗智能体 EIHealth
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置? 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建,进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进去NGS流程所在的项目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用health
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步骤4:查看与执行操作命令 - 医疗智能体 EIHealth
/指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令时,需先使用switch命令进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致,进入项目,再对项目内的数据等内容进行操作。 命令行的参数缩写支持合并使用,例如,-r -s 可以写成-rs。 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
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入门实践 - 医疗智能体 EIHealth
镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
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账号 - 医疗智能体 EIHealth
账号 如何进行实名认证
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数据管理 - 医疗智能体 EIHealth
数据管理 AK/SK是什么?如何获取AK/SK? 几种不同类型的归档,区别是什么?
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步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。 如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission
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医疗智能体 - 医疗智能体 EIHealth
3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么?如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像? 更多 远程登录 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1:对应用进行分析
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Notebook安装Conda指导 - 医疗智能体 EIHealth
activate py37 conda install -n py37 pandas 安装完成后,返回Notebook,然后使用新软件包。 参考信息 如何修复 “conda: command not found”? 当terminal第二次打开时,环境变量将被清理,因此我们需要再次初始化Anaconda配置。
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查询流程 - 医疗智能体 EIHealth
否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get workflow
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删除指定作业 - 医疗智能体 EIHealth
删除指定作业 使用delete命令删除指定作业。 命令结构 health delete job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
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查询应用 - 医疗智能体 EIHealth
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索应用。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get app
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切换项目 - 医疗智能体 EIHealth
切换项目 使用switch命令切换到指定的项目中。 使用该命令前,您需要先创建项目,再使用switch命令进入该项目。 命令结构 health switch project <project-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是
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获取系统标签 - 医疗智能体 EIHealth
获取系统标签 使用get命令获取系统标签库列表。 命令结构 health get label [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get label #