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修改指定workflow内容（名称不支持修改）。 命令结构 health nextflow edit workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
系统标签用于设置作业分类，可以在系统标签管理中添加、删除标签。 添加标签 在“标签管理”页面，单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中，输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 图1 添加标签 单击“确定”，标签添加完成。系统最多可添加100个标签。
CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings
使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删，执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目，只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致，命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project <project-name>
搜索 普通搜索 在作业管理页面，右上角搜索框中输入作业名称，单击按钮进行搜索。 图3 搜索作业 高级搜索 Nextflow作业支持根据流程名称、标签、状态、创建者、创建时间、完成时间进行搜索。在作业管理右上角，选择“高级搜索”，输入搜索条件后，单击“搜索”即可查找出相关信息。 图4
左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1 流程输入、输出和依赖 类别 类型 说明 输入 Fastq 输入基于二代测序得到的原始Fastq文件，支持来源于多个barcode和路径的输入。 依赖 Reference Genome 输入的参考基因组序列，已经通过bwa构建了index。
管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面，单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中，输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 图2 添加标签 单击“确定”，标签添加完成。系统最多可添加100个标签。
包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线（-）开头，不能以英文句号（.）或斜杠（/）或空格开头或结尾 最小长度：0 最大长度：128 output_dir_type 否 String 输出路径的类型 node_labels
< " > |。 文件夹的绝对路径总长度不能超过1023字符。 文件夹名称不能以英文句号（.）或斜杠（/）开头或结尾。 不能包含两个以上相邻的斜杠（/）。 文件夹名称不能以中划线（-）开头。 多层文件夹不能超过45层。 数据列表按照先文件夹后文件的顺序排列。文件夹默认为首字母排序
String 应用名称 目标应用名称 取值范围：长度为[1,56]，以大小写字母开头，允许出现中划线(-)、下划线(_)、小写字母和数字，且必须以大小写字母或数字结尾。 最小长度：1 最大长度：56 version 是 String 应用版本 取值范围：[1,24]，以小写字母或数字或大写字
在“作业”页面左侧，单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息，包括“名称”、“描述”、“数据表”、“流程名称”、“作业状态更新”。 “作业状态更新”中可选“选择已有列”或“新建一列”。 选择“选择已有列”时，需要选择已有列名，已有列名必须为string类型，可以搜索到，并且非主键。
其中单个文件夹名称不能以中划线（-）开头，不能以英文句号（.）或斜杠（/）或空格开头或结尾 最小长度：0 最大长度：128 tool_id 是 String 作业依赖的组件id，组件当前仅支持流程，取值范围[1,135]，支持大小写字母和数字。目前支持两种格式，特殊id：{流程名称}::
选择“作业>分析作业>Nextflow”，单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称：设置作业名称。名称长度为1-63，只允许出现中划线、字母和数字。 标签：设置作业标签。最多可以设置5个。 描述：作业描述。 流程名称：选择已创建的流程，如果还未创建，可参考新建流程进行创建。 优先级：设置
是 String 流程名称，取值范围[1,56]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时，流程名称不支持修改。 最小长度：1 最大长度：56 version 是 String 流程版本，取值范围[1,24]，以小写字母或数字或大写字母开头，允许出现
单击项目名称，进入项目管理页面，选择“镜像”页签。 单击需要发布的镜像名称，进入镜像详情页面。 单击“操作”列的“发布”。 图1 发布镜像 在发布页面，填写发布镜像的相关信息。 表1 发布镜像参数说明 参数 说明 名称 发布镜像的名称。名称长度为1-128个字符，以小写字母或数字开
单击“CPI预测”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式，分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列，输入框最多支持输入100条氨基酸序列，每条氨基酸序列最多支持输入2048个字符。 图1 靶点配置输入氨基酸序列 选择文件，支持fasta格式和pdb文件。
可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：
参数 说明 名称 发布流程的名称。名称长度为1-56，只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写，展示的名称和流程名称相同。发布成功的流程不支持修改展示名称。 版本 发布流程的版本。 版本长度必须为1-24个字符，以字母或数字开头（多个字符可以连续），中间只能包含-
只支持字母，数字，中划线和下划线。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写，展示的名称跟发布数据的名称保持一致。发布成功的数据不支持修改展示名称。 版本 发布数据的版本。 版本长度必须为1-64个字符，只支持字母，数字，中划线，下划线和点号。 类型 数据。 标签 设置发布数据的标签。
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