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基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的应用,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。 父主题: 工具管理
cm/s。 结果解释:大于-5.15 log cm/s代表具有较好的渗透性。 MDCK Permeability: MDCK细胞的表观渗透系数Papp用来估计药物进入人体的吸收效率。单位为cm/s。 结果解释:大于20 x 10-6cm/s代表具有较好的渗透性,2~20 x 10-6cm/s具有一般渗透性,小于2
执行操作命令,获取项目信息。 执行health get project命令查询当前账号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下,需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令时,需先使用switch命令进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致,进入项目,再对项目内的数据等内容进行操作。
通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 父主题: Notebook
7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“设置”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。 图2 数据审计 父主题: 数据管理
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 父主题: 数据管理
7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“数据审计”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。 图4 数据审计 父主题: 项目管理
填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包、归档存储包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。归档存储适合档案数据、医疗影像场景。详细可参考存储类别。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。
或者单击右上角“更多”,进入购买存储套餐包页面进行购买。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。
输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。 task间使用;;分隔,input的参数路径间使用;;分隔。 例如task1
程,让药企能更快速高效地完成药物研发,节约研发成本。 产品优势 提供开放的、易于扩展的平台架构。 提供端到端的AI赋能平台加速AI的研发和应用。 提供针对医疗行业的AI自动建模工具。 提供医疗领域专业的预置资产,提升企业的效率。 内置大量生物医疗领域标准分析流程,并结合华为特有的
员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称,进入项目“设置”页面。您可以在该页面,查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量,修改项目是否核心项目。 同时,可以查看项目的基本信息、数据控制信息和成员信息。 图4 项目详细信息 项目状态 可用:项目当前状态正常
√ √ √ √ 流程管理 创建、更新、删除、导入、订阅 √ √ √ - - 发布 √ √ - - - 查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 应用管理 创建、更新、删除、导入、订阅 √ √ √ - - 发布 √ √ - - - 查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 作业管理 启动、停止、取消、重试、更新、删除
获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理
请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时,流程中的每一个应用称之为一个任务(Task),通过循环读取Task的输入数据,可以实现作业的批量执行。 例如,您可以在本地创建.bat格式的批处理文件,执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
计算资源列表 计算资源标签管理 标签管理:可通过设置系统内置标签“copy-in”,使作业在该计算节点上运行。用户也可以自定义标签,创建应用时,通过设置标签指定应用运行在具有相同标签的计算节点上,实现运行作业按标签进行调度。 调度设置:设置为“不可调度”后,作业将无法运行到此计算节点。 图4