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目录,指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(.)或斜杠(/)或空格开头或结尾 最小长度:0 最大长度:128
启动自动作业 功能介绍 启动自动作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
描述 type String 任务启动事件类型 count Integer 任务启动事件发生次数 reason String 任务启动事件状态 message String 任务启动事件详细信息 first_timestamp String 任务启动事件首次上报时间 last_timestamp
应用的参数和镜像启动命令如何设置? 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照F
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
启动notebook 使用start命令启动notebook。 命令结构 health start notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
作业执行失败排查思路 启动作业后作业一直处于已提交的状态 问题现象 作业投递后一直处于已提交的状态。 问题排查和解决方案 查看execution log, 若execution log为空,请提交工单或联系服务技术支持。 execution log 提示K8S pod can‘t
启动自动扩容策略 功能介绍 启动自动扩容策略 URI POST /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
启动计算资源 功能介绍 启动计算资源 URI POST /v1/{project_id}/system/computing-resources/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
场景1 作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。 排查思路 判断是否是作业超时。 单击“状态”右侧的失败图标,查看失败原因,若为Graph timeOut for executin xxx,则可以确认为作业超时失败。 解决方法 根据实际业务需要,在“创建作业”阶段,设
通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。
本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器,并进入容器。
图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入,每行最多256字符,最多支持300行。 例如,bamqc软件输入参数填写
本例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,制作centos镜像,并在镜像中放入图片文件。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图2 云服务器列表 安装容器引擎。
容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker
oken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 user_name 是 String 用户名 最小长度:1 最大长度:128 password 是 String
进入“工具 > 应用”界面。 图2 进入应用界面 单击“新建应用”,创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir}
目录,指定则已指定路径为准,输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(.)或斜杠(/)或空格开头或结尾 workflow_id: