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获取子任务中实例的事件 功能介绍 获取子任务中实例的事件 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instances/{instance_name}/events
中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中,并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过界面右下角快速定位按钮使流程显示在画布中央。 可通过界面右下角规整排列按钮使流程连线排布整齐。 父主题: 工具管理
String 数据库文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
object 实例元数据信息 spec TaskInstanceSpecRsp object 实例cpu和内存使用率信息 表6 TaskInstanceStatusRsp 参数 参数类型 描述 phase String 实例执行状态 pod_ip String 实例IP host_ip
作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num
参数类型 描述 name 是 String 用户名,长度1~64之间,首位不能为数字,特殊字符只能包含下划线“_”、中划线“-”和空格 最小长度:1 最大长度:64 password 是 String 用户密码,在8-32位之间支持用户自定义密码长度,至少包含以下四种字符中的两种:
1.8u1.8g,高优先级的先投递。 图1 新建作业 单击“确定”,进入启动作业页面。 (可选)在启动作业页面,可以通过,添加作业相关参数。 上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数,作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题: Nextflow
基于EIHealth平台,搭建NGS流程,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 基于二代测序的基因突变检测 NGS流程简介 操作步骤 快速创建一个kubernetes集群 3分钟创建一个游戏类容器应用
参数 参数类型 描述 file MoleculeFile object 分子文件。 count Integer 分子个数。 最小值:1 最大值:1000000 表7 MoleculeFile 参数 参数类型 描述 source String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。
计算节点标签设置方法请参见计算资源标签管理。 填写输入参数、输出参数。 参数填写时,输入参数及输出参数有字符串(String),文件(File),文件夹(Directory),枚举(Enum)四种类型。 图4 参数信息 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设
144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,Windows系统下需使用""括起来,Linux系统下需使用''括起来。 命令示例
获取子任务中实例的资源监控数据 功能介绍 获取子任务中实例的资源监控数据 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instan
String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 功能介绍 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor_file 是 ReceptorDrugFileReq object 受体文件。 ligand_file 否 DrugFile object 配体文件。 name 否 String 小分子名称。 最小长度:0 最大长度:128
作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num
结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 Genotoxic Carcinogenicity Rule: 117个子结构,含有该子结构可能通过遗传毒性引起致癌性或者致突变性。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。
、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 main_file 否 String 主文件名 最小长度:4 最大长度:1023 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无
GPU 设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。
参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为用户私有数据中心为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1