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4000分钟,即作业运行至多100天。 “输出路径”指运行分析作业时的输出结果存放路径。 例如,gene-assets项目中的output文件夹,输出路径格式为/gene-assets/output。 图3 流程参数 将左侧应用列表中的应用,拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。
时,需要依赖平台提供的基础镜像,获取地址请参见获取镜像。 CPU 设置CPU大小。 取值范围:1~128,默认为1。 GPU 设置GPU大小。 取值范围:0~16,默认为0。 内存 设置内存大小。 取值范围:2~512,默认为2。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用
} 响应示例 状态码: 200 受体信息解析响应。 { "residues" : [ { "chain" : "", "name" : "BOX", "id" : 1 } ], "ligands" : [ ] } 状态码 状态码 描述 200 受体信息解析响应。
发布镜像的名称。名称长度为1-128个字符,以小写字母或数字开头,只允许出现中划线(-)、下划线(_)、小写字母和数字,且必须以小写字母或数字结尾。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和镜像名称相同。发布成功的镜像不支持修改展示名称。 版本 发布镜像的版本。 版本长度必须为1-64个字符
数据管理 创建文件夹 查询数据列表 获取桶存量信息 复制项目数据 导入项目数据 导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
CSS集群管理 绑定CSS集群 获取CSS集群列表 获取最终租户CSS集群列表 测试CSS集群连接 CSS集群解绑 父主题: API(盘古辅助制药平台)
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题: 用户指南(基因平台)
数据库管理 数据库管理 模板管理 父主题: API(医疗智能体平台)
com/fake.fasta" } } 响应示例 状态码: 201 受体预处理(Fasta格式)成功。 { "count" : 100, "has_more" : false } 状态码 状态码 描述 201 受体预处理(Fasta格式)成功。 错误码 请参见错误码。
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)
作业”页签中,单击“上传作业”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get job -s命令获取创建作业的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在
作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。
计算节点标签设置方法请参见计算资源标签管理。 填写输入参数、输出参数。 参数填写时,输入参数及输出参数有字符串(String),文件(File),文件夹(Directory),枚举(Enum)四种类型。 图4 参数信息 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设
商标设置 通过设置商标您可以自定义平台Logo和标语。设置商标功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“设置商标”,设置平台Logo和标语。首次修改时,需同时修改商标和标题。 图1 设置商标 父主题: 系统设置
用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型
管理用户 删除子用户 管理员用户包含子管理员,均具备删除权限。但子管理员不可将管理员删除。删除用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。