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文件拷贝 使用cp命令将源路径中的文件拷贝到指定路径。同时，该命令支持拷贝其他项目中的数据。 命令结构 health cp <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径，支持本项目和其他项目的路径。
上传数据 使用upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台。该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹，最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中，受网络影响可能出现损坏，上传命令默认会在上传完成后，验证项目中数据的MD5值
修改流程 功能描述 修改指定workflow内容（名称不支持修改）。 命令结构 health nextflow edit workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地work
删除流程 功能描述 删除指定workflow。 命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550
单击“添加”，添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”，设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”，将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中，单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。
列举对象 使用ls命令查询EIHealth项目中的对象，返回的对象名称按照字典序排列。同时，该命令支持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前，需要使用switch命令进入待操作的项目，才可以执行数据相关操作，使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path>
获取系统配额信息 使用get命令获取系统配额信息。 命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get quota
重试作业 使用retry命令重试作业。 命令结构 health retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息，该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时，列出具体作
修改性能加速资源 修改性能加速资源节点。 命令结构 health edit performance-resource <ID> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --job-quota -j 否 修改性能加速资源作业配额。 --schedulable
获取任务信息 功能描述 获取任务相关信息，如任务日志、详情。 命令结构 health nextflow get task <task-id> --jobId <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 task-id 不涉及 否 任务id，如果不传，那么获取的是任务列表。
修改归档区域 使用edit命令修改归档区域。 命令结构 health edit archive-region <archive-region> 或者 health update archive-region <archive-region> # 命令中的archive-region可替换为backup-region
停止作业 功能描述 停止作业。 命令结构 health nextflow stop job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow stop job f17a354
查询流程详情 功能描述 查询指定workflow详情。 命令结构 health nextflow get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 流程ID，指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时，获取的是流程列表。
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称，支持computing、performance、d
修改计算资源 修改计算资源节点。 命令结构 health edit compute-resources [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --force -f 否 是否强制操作。 --labels -l 否 需要添加或删除的标签列表。json数组格式。如：-l
进入资产市场，分别订阅fasp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize应用。 图1 订阅应用 可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。 图2 查看订阅的应用 步骤2：新建流程 在“工具 > 流程”页面，单击“新建流程”按钮，填写流程名称，版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的
删除数据 使用rm命令删除EIHealth平台的文件或目录，此命令不支持删除引用的数据。 命令结构 health rm <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 destdir 无 是 目的文件或目录。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示。
转移项目 使用transfer命令转移项目给项目admin成员。项目的所有者有权限执行该操作。 命令结构 health transfer project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称，不填时默认为当前所在项目。
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