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ValueRange object 属性欠佳值域区间 style 否 String 模型参数呈现类型 枚举值: number probability confidential_interval 否 Boolean 模型推理是否呈现置信区间 表6 ValueRange 参数 是否必选 参数类型
ValueRange object 属性欠佳值域区间 style String 模型参数呈现类型 枚举值: number probability confidential_interval Boolean 模型推理是否呈现置信区间 表7 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower
可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 search_method 否 String 分子搜索方法。 枚举值:
ValueRange object 属性欠佳值域区间 style 否 String 模型参数呈现类型 枚举值: number probability confidential_interval 否 Boolean 模型推理是否呈现置信区间 表10 ValueRange 参数 是否必选 参数类型
There are models that are not built from the base model: {0}. 选择该基模型构建的属性模型。 400 eihealth.01100038 The base_model_id should not be blank. 检查参数base_model_id
查看执行结果 分析作业的执行时间与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。您可以在“作业”页面查看执行结果或进行操作。提供了作业的执行状态的查看,并可对作业执行取消、删除、重试、克隆、导出操作。勾选多个作业,可以批量取消、批量删除、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
方式1:使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
流程配置文件说明 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择
创建分析作业 创建分析作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过“新建流程”时创建 通过“作业”页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 可通过在“系统资源 >
ValueRange object 属性欠佳值域区间 style String 模型参数呈现类型 枚举值: number probability confidential_interval Boolean 模型推理是否呈现置信区间 表14 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源,详情见资源中心 自定义数据库 返回主页,单击“自定义数据库”进入界面,单击页面左上角的“创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
购买系统资源 医疗智能体平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”。 您可以根据实际需求选择购买计算资源、性能加速、数据库。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。
object 受体文件。 balanced_charge Boolean 是否平衡电荷。 缺省值:true water_model String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field String 蛋白立场,支持选择amber03
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节,可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析,从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚
Integer 生成分子数量。 最小值:1 最大值:5000 缺省值:1000 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 molecular_weight 否 Array of integers
受体文件。 balanced_charge 否 Boolean 是否平衡电荷。 缺省值:true water_model 否 String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field 否 String 蛋白立场,支持选择amber03