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业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序,用于代码的编写、调试、运行。创建Notebook时,您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时,您可以基于EIHealth提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开
满足不同开发者需求。 产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能: 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、
了修改,最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号,需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令,例如: # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env &&
步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物
步骤2:获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
•克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 可通过在“系统资源 > 计算资源”页面将计算节点的标签设置为copy-in,实现作业运行于指定的计算节点中。对于“不可调度”状态的计算节点,将无法在此节点运行作业。
--log-path -l 否 日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。 路径设置格式: Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置,格式为“http://username:
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。 蛋白力场:蛋白质力场支持amber03, amber94,
存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数
数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据
含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业
PropDefinition object 属性定义的元信息 表5 PropDefinition 参数 是否必选 参数类型 描述 id 否 String 属性业务侧ID 最小长度:1 最大长度:128 name 否 String 属性名称 最小长度:1 最大长度:32 type 否 String 属性类型
、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持立即删除,会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期,到期后系统自动删除。 说明: 一旦设置为核心项目,不可变为非核心项目,非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略
像标记为“APP”或“NOTEBOOK”。 APP:用于创建应用的镜像。 NOTEBOOK:用于创建Notebook的镜像。 为了保证平台业务安全,您在平台内购买的计算资源,将部署在独立的、专属资源池中。Notebook与流程作业均在此资源池运行,其中Notebook启动用户为h
对于publishDir配置,用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的, 供参考。 写法1: 写法2: 正向用例 如下所示为一个不带业务属性(仅执行基本数学运算)的正向用例,包含了输入输出,串并联场景,适用面较广。 process PROCESS_A { input:
PropDefinition object 属性定义的元信息 表5 PropDefinition 参数 是否必选 参数类型 描述 id 否 String 属性业务侧ID 最小长度:1 最大长度:128 name 否 String 属性名称 最小长度:1 最大长度:32 type 否 String 属性类型
CustomPropsModelMetric objects 自定义属性建模的评估指标集合 表6 PropDefinition 参数 参数类型 描述 id String 属性业务侧ID 最小长度:1 最大长度:128 name String 属性名称 最小长度:1 最大长度:32 type String 属性类型 枚举值:
缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。 购买平台的账户为管理员账户,该账户不可被删除。 管理员可以创建子用户,并将子用户授权为管理员。子管理员同样具备“用户管理”功能。 对于系统级别的管理员用户(购买平台的账户),可以在平台