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据到数据库时此参数必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 引用单个数据库实例 health
重命名目标流程名称，不填时与源流程名称保持一致。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 从源项目lmx-project导入流程，并重命名流程。
否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用health get workflow
切换路径 使用cd命令在EIHealth项目中切换数据路径。 命令结构 health cd <path> 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 当前目录，不进行跳转。 health cd
列举桶内分段上传任务的起始位置，必须与--marker配合使用。返回结果是对象名和UploadId按照字典序排序后该参数之后的所有分段上传任务。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 假设“lmx-test-01
文件内容格式：{"ids":"id1;id2;id3"}。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用job-id导出作业 health
否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 删除某个文件的分段任务 health
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
设定任务的I/O加速类型 例如：`taskname1:EVS`;`taskname3:SFS` 不写的task默认不带加速类型 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 启动作业时，如果包含不存在的
”字符本身。如果待移动的对象名匹配该参数，则跳过该对象的移动。 建议使用引号传递该匹配模式（macOS/Linux操作系统使用单引号，Windows操作系统使用双引号）防止特殊符号被操作系统转义，导致不可预期的结果。该匹配模式作用于对象全路径（含从根路径开始的对象前缀和对象名，例如
关键概念 镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平
”字符本身。如果待复制的对象名匹配该参数，则跳过该对象的复制。 建议使用引号传递该匹配模式（ macOS/Linux操作系统使用单引号，Windows操作系统使用双引号）防止特殊符号被操作系统转义，导致不可预期的结果。 该匹配模式作用于对象全路径（含从根路径开始的对象前缀和对象名，例
创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称，不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 执行以下命令，删除项目demo-project。
--link -k 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数，而待上传的文件是一个软链接且该软链接指向的目标文件不存在，则Windows操作系统会产生“Thesystemcannotfindthefilespecified”的上传失败异常，而macOS/Linux操作系
包的校验文件。例如：Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ，它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64.zip.sha256。 安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。
包的校验文件。例如：Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ，它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64.zip.sha256。 安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。
针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
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