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在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时，请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook，并选择Terminal，打开Notebook的命令行界面。 执行以下命令下载命令行工具，并获取配置Notebook代理所需的域名和端口信息。 示例中下载的版本为Linux ARM 64位。
定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于项目中。同时，您也可以通过“导入流程”的方法，将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。
访问。 WORKDIR 为接下来执行的指令指定一个新的工作目录，这个目录可以是绝对目录，也可以是相对目录。根据需要，WORKDIR可以被多次指定。当启动一个容器时，最后一条WORKDIR指令所指的目录将作为容器运行的当前工作目录。 ENV 设置容器运行的环境变量。在运行容器的时候
基于比对bam文件进行矫正。 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤
的时间，助力脑科学研究的效率提升。 AutoGenome AutoGenome为Notebook镜像，是一个利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 数据 人基因组数据 GRch38-reference数据集
子任务运行环境列表 container String 容器名称 attempt Integer 执行次数 scratch String 临时工作目录 execution_time NextflowTaskExecutionTime object task执行时间信息 resource_requested
144000]，单位分钟，默认1440 output_dir: # 流程的当前工作目录，默认为根目录，用户可显示指定，必须以/开头，结尾不能有/。 tasks:
output_dir: # 作业存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准，输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
04 使用 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准 status String 作业状态 create_time String 作业创建时间
路径设置格式： Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置，格式为“http://username:password@your-proxy:your-port”。 --obs-endpoint
144000]，单位分钟，默认1440 output_dir: # 可选 # workflow的当前工作目录，默认为根目录，用户可显示指定 tasks: # 必选 # 任务列表
gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 该镜像由gatk和parallel合并而成，以提高并行运行效率，镜像制作方法
/opt/webapp #复制图片文件 COPY bd_logo1.png /opt/ #设置环境变量 ENV WEBAPP_PORT=9090 #设置工作目录 WORKDIR /opt/ #设置启动命令 ENTRYPOINT ["ls"] #设置启动参数 CMD ["-a", "-l"]
价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。由于分子对接考虑了受体结构的信息以及受体和药物分子之间的相互作用信息，因此从原理上讲，它比仅仅从配体结构出发的药物设计方法更加具有合理性。 Docking Summary流程由ligand-smiles-to-3dsd
流程超时时间，取值范围[1,144000]，单位分钟，默认1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录，默认为根目录，用户可显式指定;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
流程超时时间，取值范围[1,144000]，单位分钟，默认1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录，默认为根目录，用户可显式指定;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
[1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准; output_dir_type String 输出路径的类型 node_labels Array
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