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指定用户的securitytoken。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 移动文件夹 示例1:将tmp文件夹中的所有文件移动至t1文件夹下,命令中tmp文件夹结尾需要加“/”,t1文件夹结尾无需加“/”。
生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。您可以查看各类资产的详细介绍和使用方法,并订阅资产至项目中使用。 单击所需的资产名称,查看资产的详细信息。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅资产。 图1 订阅资产 订阅的资产将显
安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi
安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi
在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传
作,或手动修改数据权限。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 列举路径中的文件夹对象时,需使用/xxx/格式,如示例中的/src1/和/src2/。 如果路径中带有特殊字符比如()
项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete project demo-project
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择
“Upload”上传数据大小受限时,您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中,通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth
在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传数据,支持上传最大为1GB,最多20个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 父主题:
当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有,可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析,这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3
--description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels
查询IAM用户组的用户列表 导入用户 获取用户列表 创建用户 校验token 获取指定用户详情 修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置 查询用户设置 父主题: 系统管理
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”
应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少
场景3 作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 排查思路、解决方法请参考查看执行结果章节的说明。 场景4 参数配置的不合理导致的作业执行失败。 解决方法 选择运行失败的分析作业,单击操作列“更多>重试”。 在弹出的提示框中选择“更改参数”。 图6 更改参数
修改。 使用AK/SK认证时,您可以基于签名算法使用AK/SK对请求进行签名,也可以使用专门的签名SDK对请求进行签名。详细的签名方法和SDK使用方法请参见API签名指南。 签名SDK只提供签名功能,与服务提供的SDK不同,使用时请注意。 父主题: 如何调用API
ows-x86_64.zip.sha256。 安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具