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health upload D:\local /src/ -r -f -l 上传本地D:\local文件夹至项目src文件夹中（上传local文件夹本身）。 health upload D:\local /src/ -r -f 增量上传文件，同步本地D:\local\test.txr文件至项目src文件夹中。
health upload D:\local /src/ -r -f -l 上传本地D:\local文件夹至项目src文件夹中（上传local文件夹本身）。 health upload D:\local /src/ -r -f 增量上传文件，同步本地D:\local\test.txr文件至项目src文件夹中。
ID)：访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key)：与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。依据购买服务所在的区域进行选择，可选cn-north-4、cn-east-3、cn-south-1 --platform-id
${json-file} -h ${html-file} 镜像：bwa_samtools:0.7.17-1.10 启动命令： bwa mem -t 32 -M -R '@RG\tID:${sample-id}\tPL:${seq-platform}\tPU:${sample-id}\tSM:${samp
进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致，进入项目，再对项目内的数据等内容进行操作。 命令行的参数缩写支持合并使用，例如，-r -s 可以写成-rs。 父主题： 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。 --project -p 否 项目名称，不填时默认为当前所在项目。 --role -r 是 用户项目角色，只支持Administrator，Developer，Uploader或者Viewer。 命令示例 本节以Windows
是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。 --project -p 否 项目名称，不填时默认为当前所在项目。 --role -r 是 用户项目角色，只支持Administrator，Developer，Uploader或者Viewer。 命令示例 本节以Windows
/src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f --flat 增量下载文件。
参数 简写 是否必选 说明 template-id 无 是 源模板id。 --project -p 是 源项目名称。 --rename -r 否 重命名导入模板名称，不填时与源模板名称保持一致。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
workflow-id 无 否 源流程ID。 workflow-name 无 否 源流程名称。 version 无 否 源流程版本。 --rename -r 否 重命名目标流程名称，不填时与源流程名称保持一致。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
health upload D:\local /src/ -r -f -l 上传本地D:\local文件夹至项目src文件夹中（上传local文件夹本身） health upload D:\local /src/ -r -f 增量上传文件，同步本地D:\local\test.txt文件至项目src文件夹中。
参数 简写 是否必选 说明 --message-type -m 否 消息类型，根据消息类型筛选消息列表。 --resource-type -r 否 资源类型，根据资源类型筛选消息列表。 --operator -e 否 操作人，根据操作人筛选消息列表。 --project-name -p
要导入的应用当前所在的源项目名称。 app-id 无 否 源应用ID。 app-name 无 否 源应用名称。 version 无 否 源应用版本。 --rename -r 否 重命名目标应用名称，不填时与源应用名称保持一致。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
destdir 无 是 目的路径，只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名，复制文件时该参数可选。 --recursive -r 否 递归复制文件夹中所有文件和子文件夹，复制文件夹时该参数必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，复制文件夹时该参数可选。
下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件
引用数据会列举全部，不受该参数影响 。 --simple -s 否 以精简格式显示查询结果，返回结果只包含对象名。 --recursive -r 否 递归列举本项目文件夹中的所有文件和子文件夹。 --v -v 否 列举桶内多版本对象，列举结果包含最新版本的对象和历史版本的对象。 --marker
您在使用NGS流程前，请先上传待分析的数据，上传数据方法请参见数据管理。数据要求是成对的双端测序样本，即您需要上传两个样本数据文件，例如：xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。 步骤3：创建分析作业 单击项目名称，进入“项目管理”页面，并选择“工具”页签。 单击ngs“操作”列
获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件
exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。例如，放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R，输入cmd，并单击“确定”打开windows的cmd窗口。 进入cmd窗口，输入health命令，即可使用。 如果命令行工具所在的文件夹和
we1dgbHrBoZgd1fa3H8s4vdZVmxBpOppLl1Pr4oo8RTIQYr4SkLI/AtlrLAcZWysZZ4R/LI4r9kpEIafzLI+tO67s1Nj02t0tPXx7ZuLX+uMfOxfYk0q6XRyParbVIaWvLoxl7ENtdSI
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