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如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列
导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据的路径,例如引用了gene-assent项目中的DataSet数据,使用health cd命令切换到该路径,并使用health ls名称查看详细数据。 当由引用数据的路径,切换到自己项目数据时,需指明具体的路径。 health cd gene-assent:/DataSet/
据库时此参数必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 引用单个数据库实例 health import
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
用于让作业调度到设置了该标签的节点上。如果所有节点都不满足该标签,则调度失败。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,名称必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --io-acc-tasks -s 否 设定任务的I/O加速类型
error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。 解决方案 更改分析存储介质,例如使用更高性能的IO加速方案(SFS Turbo、EVS),如使用SFS Turbo加速,在投递作业时可以选择“IO加速”。
流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
选择CPU、GPU类型和大小,选择内存大小,内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GATK是基于X86指令集开发的生信软件,使用CentOS的X86系统创建GATK镜像,则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求:请按实际需求填写,取值范围为“0
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段移动任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或
使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删,执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目,只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致,命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project <project-name>
一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”,进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。 图2
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 下载数据操作
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。
项目简介 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项