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基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练
template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径
"workflow" }, "database_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "database_name" : "demo-database" } ], "count" : 1 } 状态码
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health
删除数据库模板 使用delete命令删除数据库模板。 命令结构 health delete database template <template-id> [flags] 或者 health delete db template <template-id> [flags] 表1 参数说明
的使用情况、购买记录以及购买套餐包，也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源，此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源，购买步骤参考购买资源，绑定具体操作如下： 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。
参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数（排序后取Top） 最小值：1 最大值：1000 表5 SearchResult 参数
PAINS： 频繁命中化合物过滤，PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配该数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule： 频繁命中化合物过滤，ALARM NMR数据库具有75个子结构。 结果解释：同PAINS。
Source database {0} does not exist. 检查引用的数据库id是否正确。 500 eihealth.01040037 Database service is not available now. Please check the database resource
获取数据库模板 使用get命令获取数据库模板列表、详情或者示例yaml文件。 命令结构 health get database template <template-id> [flags] 或者 health get db template <template-id> [flags]
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称，支持computing、performance、database、storage，分别代表计算资源、性能加速资源、数据库资源和存储资源。 --action -a 否 查询计算节点方式。 取值范围：
预计结束时间，毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String
对情况的计算评估，让研究人员可以同时从21个蛋白的角度，综合、无偏地评估药物效果，从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果（https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821），并搭建虚拟药物筛选数据库。
预计结束时间，毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String
ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
缺省值：true 表4 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
表4 FastaReceptor 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
√ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 开发环境 创建、导入 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 启、停 √ √ √ - - 数据库 创建、导入、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √
导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示，订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN
图4 引用的数据 引用OBS类型数据时，如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”，则将该数据引用过来后，该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据，并不可下载、归档。 引用外部OBS桶的数据时，在页面左侧数据栏中，将显示出完整的外部桶目录结构，对于非引用路径的数据，不支持数据
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