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整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释,包括DrugBank编号、分类、化学式、XLOGP3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 功能演示请参见视频帮助。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 新型冠状病毒(COVID-19)的出现在全球范围影响了人
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整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释,包括DrugBank编号、分类、化学式、XLOGP3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 使用步骤如下所示。 在“资产市场”中订阅版本为1.0.0“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 mode 是 String 口袋识别的模式:自动、全局、配体、残基。 枚举值: AUTO GLOBAL LIGAND RESIDUES receptor_file 是 ReceptorDrugFileReq
您可以单击右上角“New”,然后选择AI引擎“Python 3”,创建一个用于编码的文件。 Jupyter Notebook页面不支持创建名称中带有特殊字符< > ' " ; \ ` = # $ %% ^ & ( )的文件或文件夹。 图2 选择AI引擎“Python 3” 编写文件 新建文件后,
create -n py37 python=3.7 输入“y”,按“Enter”继续。 切换到新环境。 conda activate py37 生成Notebook kernel。 conda install -n py37 ipykernel python -m ipykernel
D结构、下游分析(分子优化及合成路径分析)、与原始分子属性对比(仅支持片段优化的属性对比)、查看分子与靶点的2D相互作用、下载2D相互作用图片,下载3D分子结构、收藏结果等多项功能。 支持按照相互作用力进行高级筛选,单击进行条件配置。 可以以列表的形式查看口袋分子的作业,单击“下
core和similarity。 查看属性:查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图:查看配体中分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。 下游分析:分子优化对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径,如果分子设置了靶点,可以选择自由能微扰进行下游分析,单击“确定”即可创建。
构象,进行可视化展示、对配体分子进行注释,包括:DrugBank编号、分类、化学式、XLOGP3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 RNA-Seq Analysis Based on STAR 二代基因组测序即Next Generation Sequencing
建议为相对路径且在开发环境中当前python进程工作目录下能访问;以及提供自然语言表述的数据含义。 # output_dir:存储在平台项目的OBS中的数据输出路径,所在项目与当前开发环境项目需一致,建议为相对路径且在开发环境中当前python进程工作目录下能访问;以及提供自然语言表述的数据含义。
String 标签页面标题,正则匹配中文,英文字母和数字及下划线 最小长度:1 最大长度:32 feature 是 String 标签页面类型 枚举值: TOOL labels 是 Array of strings 标签页面包含的标签值,正则匹配中文,英文字母和数字及下划线 最小长度:1 最大长度:32
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登录盘古辅助制药平台,选择“AI模型”。 图1 AI模型 单击“创建模型”,设置相关参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 模型名称。 长度为5-32个字符,首位需以英文字母开头,仅可以使用字母、数字、下划线“_”和中划线“-”和空格。 描述 设置模型的描述信息。 基模型 设置基模型,基模型与分子描述符有关。选择不同的基模型,分子描述符不一样。
符的规范来设置参数命令,例如: # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env && python adme.py --file_in ${file-in} --file_out ${dir-out}/adme_info.txt >
创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。 图1 创建数据库 名称:数据库名称。长度为5-32个字符,首位需小写英文字母开头,仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。最终租户下的所有用户数据库名称不能重名,可以和官方数据库名称重名,不区分大小
docker镜像地址,取值范围[5-255],不能包含中文字符 commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符,支持多行输入,最多支持300行。 - 'echo