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依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 method 是 String 认证方式:sms,email,vmfa 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 无 请求示例 发送验证码,发送方式为email https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
name String 规格名称 cpu Integer 核数 ram Integer 内存 max_connections Integer 最大连接数 disk_space Integer 存储空间 sold_out Boolean 是否售罄 请求示例 获取数据库资源规格列表 https://eihealth
resource_id String 监控资源id device_id String 显卡id 请求示例 批量下载监控数据,设置起止时间,实时数据,统计方式为max, 指定资源id列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{proj
步骤2:获取Notebook基础镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.${region}.myhuaweicloud
描述 id String 作业ID。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建聚类分析作业,输入方式为分子文件,作业名称为demo-job。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-proj
描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子生成作业,输入方式为分子表达式,作业名称为demo-job,分子文件为project:/dir/file,靶点设置的受体文件为project:/test.pdb,口袋中心位置为[0
下载数据 在EIHealth平台下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面,展开数据文件夹,选择待下载的数据。
分子属性预测结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图3,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。 图3 查看运行结果(2) 图4 排序方式 单击每个分子卡片右上方的,可以收藏该分子属性预测结果,收藏后的结果可在收藏夹页直接查看。 单击每个
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式,您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证:通过Token认证通用请求。 AK/SK认证:通过AK(Access Key ID)/SK(Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时,需
保留期与欠费 套餐包到期后,如果账号欠费,会根据“客户等级”和“订购方式”定义不同的保留期时长,保留期内您将不能进行资源访问,保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制
Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
进行导入。 图1 导入用户 导入的IAM子用户需要具有管理控制台访问方式。 导入用户时不能超出配额。如果超出配额,进行配额调整后,5分钟后生效。 以用户组的方式导入时,若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时,用户组里已经导入到平台的用户,不算统计个数。例如,用户组A里50个用户,10个已经导入平台,
v文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter Notebooks一样的组件。 打开JupyterLab 选择状态为“运行中”的Notebook实例,单击“操作”列的“打开”访问Notebook。
研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源,是一站式的医疗研发平台。EIHealth以开放API的方式提供给用户,您可以根据本文档提供的API来使用服务,支持的全部API请参见API概览。 在调用医疗智能体平台API之前,请确保已经充分了解
子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路
Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
分子生成结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图10,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。 图9 排序方式 单击每个分子卡片右上方的可以收藏分子生成结果,收藏的结果可在收藏夹页直接查看。 单击每个分子卡片右上方的,可以
以在项目的“设置”页面设置数据权限。数据权限仅可以有项目所有者设置。 分享:关闭分享后,项目内数据不允许分享给其他项目,包括拷贝、引用两种方式。 下载:关闭下载后,项目内数据不允许下载至本地。 删除:关闭删除后,项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计