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恢复归档 使用restore命令恢复归档数据。 命令结构 health restore archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --destdir -d 是 目标路径。 archive-id
获取数据作业 使用get命令获取数据作业列表、数据作业详情、数据作业执行日志或者下载数据作业执行日志。 命令结构 health get data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 否 数据作
重试数据作业 使用retry命令重试数据作业。 命令结构 health retry data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
取消数据作业 使用cancel命令取消数据作业。 命令结构 health cancel data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type
删除指定作业 使用delete命令删除指定作业。 命令结构 health delete job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目,并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags]
删除数据作业 使用delete命令删除数据作业。 命令结构 health delete data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
重试作业 功能描述 重试作业。 命令结构 health nextflow retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
什么是医疗智能体eihealth-toolkit 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
创建子目录 使用mkdir命令,在当前目录下创建子目录,此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
删除指定作业 功能描述 删除指定作业 命令结构 health nextflow delete job ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow delete job f17a3542-3f7c-1
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
获取系统配额信息 使用get命令获取系统配额信息。 命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get quota
重试作业 使用retry命令重试作业。 命令结构 health retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
修改性能加速资源 修改性能加速资源节点。 命令结构 health edit performance-resource <ID> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --job-quota -j 否 修改性能加速资源作业配额。 --schedulable
获取任务信息 功能描述 获取任务相关信息,如任务日志、详情。 命令结构 health nextflow get task <task-id> --jobId <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 task-id 不涉及 否 任务id,如果不传,那么获取的是任务列表。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明