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简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
X-Bucket-Name 否 String X-Bucket-Name 最小长度:1 最大长度:128 X-Namespace-Name 否 String X-Namespace 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述
vendor name to xxx1 successfully! 设置供应商图标 health edit vendor-config --log /root/demo/logo.png # 执行成功返回结果如下 set vendor logo successfully! 父主题: 系统设置命令
执行成功返回结果如下 add ak successfully! add sk successfully! add region successfully! add platform-id successfully! add user-name successfully! add password
database xxxx insert successfully! 删除 health edit db instance xxxx --delete --row-num 19 # 返回结果如下 database xxx delete successfully! 父主题: 数据库管理命令
63e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time"
子任务标识符 hash String 哈希值 status String 子任务状态 container String 容器名称 pod_name String pod名称 submit String 提交时间 complete String 完成时间 duration Long 总时间 realtime
200 OK [ { "tag" : "v1.0", "status" : "SUCCESS" }, { "tag" : "v2.0", "status" : "SUCCESS" } ] 状态码: 207 MULTI_STATUS [ { "tag" : "v1
550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000 health get app app-name:version get app successfully. 指定app-id时返回结果: app: id: f165b7a6-5bc9-11eb-9fef-fa163ef9b34d
log_storage_link String 作业日志存储链接 pod_create_time String task的pod创建时间 pod_start_time String task的pod启动时间 job_failed_times Integer task的cce job失败次数 表14 IoAccInfoDto
镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
# 返回结果如下 export job successfully! 使用job-id文件导出作业 health export job -f /user/path/ids.txt # 返回结果如下 export job successfully! 父主题: EIHealth作业管理命令
作业总数 succeed_job_count Integer 运行成功作业总数 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "app_count" : 1, "workflow_count" : 1, "job_count" : 1, "succeed_job_count"
--yaml和--workflow命令不能同时存在。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一
关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
ps/{backup_id} 响应示例 状态码: 202 ACCEPTED { "id" : "94116a6b-1945-4581-b64c-2cea712988ab" } 状态码 状态码 描述 202 ACCEPTED 错误码 请参见错误码。 父主题: 数据归档
命令示例 health delete label -l "[\"1001\",\"1002\"]" delete label is successful 父主题: 系统设置命令
发布镜像 导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题: 项目管理
-s lmx-test-01:/path1/;lmx-test-02:/path2/ # 返回结果如下 create notebook successfully! notebook id is xxx 创建CUSTOMER镜像类型的notebook health create notebook