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文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例，生成一个算例melt.in文件。设置每迭代100步生成一个checkpoint文件，假定该文件存放在共享目录“/share”中。内容如下： # 3d Lennard-Jones
ibm.com/marketing/iwm/iwm/web/preLogin.do?source=swerpsysz-lsf-3 获取的软件包一般为两个，包括license和软件两部分，例如，获取的IBM Spectrum MPI软件包为： smpi_lic_s-10.1Eval-rh7_Sep15
基于STAR-CCM+部署HPC集群 方案概述 资源和成本规划 STAR-CCM+部署HPC集群流程图 实施步骤 附录 父主题： 弹性云服务器场景最佳实践
附录 常见问题 主要概念 父主题： 基于STAR-CCM+部署HPC集群
方案概述 方案应用 HPC提供了超高浮点计算能力解决方案，可用于解决计算密集型、海量数据处理等业务的计算需求，如科学研究、气象预报、计算模拟、军事研究、CAD/CAE、生物制药、基因测序、图像处理等，缩短需要的大量计算时间，提高计算精度。 方案架构 方案优势 降低TCO 可以按需
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题： 基于STAR-CCM+部署HPC集群
安装和使用MPI（X86 BMS场景） 该任务指导以CentOS7.3的OS为例在单节点上运行MPI应用。 裸金属服务器场景支持使用的MPI 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用Spectrum MPI 安装和使用Intel MPI 安装和使用Platform
在HPC集群上运行MPI应用 在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 在HPC集群上运行社区OpenMPI 在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题： 弹性云服务器场景典型应用
主要概念 RDMA RoCE 父主题： 附录
IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI（以版本3.0.0rc6为例）。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”，采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令，切换为root
Plateform MPI 9.1.4.3：Plateform MPI和Udapl通讯库一起使用，可使用STAR-CCM+自带的Plateform MPI。 OpenMPI 3.0.1-4.0.3：OpenMPI和Ucx通讯库一起使用，可使用STAR-CCM+自带的OpenMPI。 建议从官方网站获取
常见问题 RoCE网络问题 STAR-CCM+启动相关问题 父主题： 附录
Converged Ethernet (RoCE)是一种网络协议，允许应用通过以太网实现远程内存访问。目前RoCE有两个协议版本，v1和v2。其中RoCE v1是一种链路层协议，允许在同一个广播域下的任意两台主机直接访问。而RoCE v2是一种Internet层协议，即可以实现路由功能。
挂载共享目录 安装软件 yum install nfs-utils 挂载SFS Turbo 将SFS Turbo挂载到/opt/Siemens目录 mkdir /opt/Siemens # 在/etc/fstab中添加开启自动挂载 echo "192.168.0.15:/ /opt/Siemens
RDMA RDMA概念 远程直接内存访问(即Remote Direct Memory Access)是一种直接内存访问技术，它将数据直接从一台计算机的内存传输到另一台计算机，无需尤其是面对高性能计算HPC、大数据分析和浪涌型IO高并发、低时延应用，现有TCP/IP软硬件架构和应用
安装和使用MPICH 操作场景 本节指导用户在鲲鹏BMS集群上安装和使用MPICH应用（以版本mpich-3.3.2为例）。 对于集群中的每台BMS，都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装MPICH。 下载MPICH。 下载地址：https://aur
MPI安装 Platform MPI安装 PlatformMPI使用STAR-CCM+自带的，不需要安装。 OpenMPI安装（可选） 若使用STAR-CCM+自带的，可不用安装。 cd /root tar zxvf openmpi-4.0.1.tar.gz cd openmpi-4
在HPC集群上运行MPI应用（鲲鹏BMS场景） 该任务指导以CentOS 7.6的操作系统为例在集群上运行MPI应用。 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用MPICH 父主题： 裸金属服务器场景典型应用
ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如：ssh-copy-id root@192.168.0.166 配置ssh第一次登录免输入yes 在~/.ssh/config文件中加入如下内容: StrictHostKeyChecking no 父主题： 实施步骤
在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景） 该任务指导以CentOS7.3的OS为例在集群上运行MPI应用。 IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题： 裸金属服务器场景典型应用
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