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alth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1:新建fastqc镜像
称相同。发布成功的流程不支持修改展示名称。 版本 发布流程的版本。 版本长度必须为1-24个字符,以字母或数字开头(多个字符可以连续),中间只能包含-.特殊符号(多个特殊符号不能连续),以字母或数字结尾。 类型 流程。 标签 设置发布流程的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的流程设置的简要描述。
匹配模式仅对文件夹中的文件生效。 支持指定多个exclude参数,如--exclude *.xxx --exclude *.xxx。 同步文件夹时该参数可选。 --include -I 否 包含文件的匹配模式,如:*.jpg。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。
GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
参数 简写 是否必选 说明 instance-name 无 是 数据库实例名称。 --description -d 否 描述。 --template-id -t 是 模板id。 --skip-lines -s 否 跳过的header行数。不指定参数值时默认为0。 --delimiter
notebook名称。 取值范围[1,63],仅支持小写字母、数字、中划线(-),开始只能是小写字母,结束只能是小写字母或数字。 --description -d 否 描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式为So
的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业,则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业,鼠标指向作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。同时,使用不同颜色提示执行状态,特别是对于由多个应用构成的分析作业,通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色:运行成功。
health命令设置执行权限。 初始化配置。 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息。执行health config add命令配置AK/SK,区域名称,华为云项目ID信息,获取方法请参见获取认证信息。 命令结构 health config add [flags] 表1 参数说明 参数 简写
基于Nextflow官方提供first script,预期输出会打印Hello world的日志。 https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html#your-first-script #!/usr/bin/env nextflow
您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持立即删除,会进入待删
称相同。发布成功的应用不支持修改展示名称。 版本 发布应用的版本。 版本长度必须为1-24个字符,以字母或数字开头(多个字符可以连续),中间只能包含-.特殊符号(多个特殊符号不能连续),以字母或数字结尾。 类型 应用。 标签 设置发布应用的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的应用设置的简要描述。
间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。 删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试
total_part 否 String 分段总数,上传的文件总共分成了几个片段 缺省值:1 最小长度:1 最大长度:4 multipart_id 否 String 分段上传任务id,除了第一个片段外,后续的片段都需要标识出任务id 最小长度:1 最大长度:128 file_name 否 String
图7 重试作业 场景5 并发投递多个作业后,部分作业运行失败,日志中显示IO读写相关错误。 图8 运行出错的应用日志 排查思路 检查同一时刻投递作业的输出路径是否存在重复。若存在重复,则很有可能是并发写入同一个文件导致的异常,若不存在请联系服务技术支持解决。 解决方案 平台提供了作
表示执行更新某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --delete -d 否 表示执行删除某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --insert -i 否 表示执行插入数据行操作。--update、--delete
ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。依据购买服务所在的区域进行选择,可选cn-north-4、cn-east-3、cn-south-1 --platform-id -i 是
否 Integer 分段总数,上传的文件总共分成了几个片段 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 multipart_id 否 String 分段上传任务id,除了第一个片段外,后续的片段都需要标识出任务id 最小长度:1 最大长度:128 file_name 否 String
流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储
查看配置页面 靶点结构:选择靶点结构文件,仅支持PDB格式。若文件中包含多个受体,则默认只处理第一个。 单击下一步,配置配体文件,支持选择原始配体与上传配体文件两种方式 选择原始配体:选择靶点结构文件中已存在的原始配体用来定位口袋或作为片段优化,存在多个原始配体时可通过下拉框选择,与上传配体文件二选一。