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平台首页查看消息通知 图2 查看系统通知 支持标记为已读和批量标记为已读 如果需批量标记已读，可以勾选多个未读的消息，单击“标记已读”。 图3 批量标记已读 支持删除和批量删除 如果删除单个消息，可以单击消息后面的进行删除。 图4 删除单个消息 如果批量删除消息，可以勾选多个消息后，单击“批量删除”。
Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。
如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 数据上传完成后，在流程设计器页面，分别单击应用参数左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1 流程输入、输出和依赖 类别 类型 说明 输入 Fastq 输入基于二代测序得到的原始Fastq文件，支持来源于多个barcode和路径的输入。
请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），通过循环读取Task的输入数据，可以实现作业的批量执行。 例如，您可以在本地创建.bat格式的批处理文件，执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
接添加数据。 （可选）新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。 单个斜杠（/）表示分隔并创建多层级的文件夹。 单个文件夹名称不能包含以下字符： \ / : ; * ? <
引用外部OBS桶的数据时，在页面左侧数据栏中，将显示出完整的外部桶目录结构，对于非引用路径的数据，不支持数据归档操作。例如，桶中有文件，路径为a/b/c，引用c文件，c文件的父目录也会显示在左侧数据栏中，但目录a, 目录b 不支持数据归档。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、上传者项目可以引用
资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围：1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月，最长为一年。 生效时间 选择购买套餐包后的生效时间。目前支持支付完成后立即生效和指定生效时间两种方式。
Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。 cat /root/.pip/pip.conf.product [global] index-url = http://repo.myhuaweicloud.com/re
在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规划路径，选择参考配体后系统自动计算，用户也可自主添加或删除配体对。 图1
发布数据的名称。名称长度必须为1-128个字符，只支持字母，数字，中划线和下划线。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写，展示的名称跟发布数据的名称保持一致。发布成功的数据不支持修改展示名称。 版本 发布数据的版本。 版本长度必须为1-64个字符，只支持字母，数字，中划线，下划线和点号。
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型，目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据，对盘古药物分子大模型进行微调，进行属性预测和迭代活性优化，实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据，对盘古药物分子大模型进行增量预训练，提升化合物表征精度。
聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10,000个，超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子：可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。
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参数 说明 策略名称 设置策略名称。策略名称长度1-64，只支持字母，数字，中划线和下划线。 如果从操作列“更多>配置扩容策略”进入创建页面，策略名称会有默认值，默认名称会携带规格信息。 计费模式 按需计费。扩容的节点只支持按需计费。 可用区 选择可用区。 计算规格 选择计算节点类型及对应的规格。
发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写，展示的名称和镜像名称相同。发布成功的镜像不支持修改展示名称。 版本 发布镜像的版本。 版本长度必须为1-64个字符，只支持字母，数字，中划线，下划线和点号。 类型 镜像。 标签 设置发布镜像的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的镜像设置的简要描述。 图片
wget zip # 下载FastQC，解压缩，设置FastQC可执行权限 RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \ && unzip fastqc_v0
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AutoGenome示例 示例名称 说明 single_cell_rfcn_densenet.ipynb 基于RFCN-DenseNet和表达谱对单细胞发育时期进行分类。 pbmc_res_vae.ipynb 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维。 步骤4：使用AutoGenome
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